詳細情報
| プロジェクト名 | バイオインフォマティクス関連データベース整備 |
|---|---|
| 分野 | バイオインフォマティクス |
| 目的 | ゲノム情報とバイオインフォマティクス知的基盤の整備を通じた産業界への貢献を行う。 |
| 紹介 | 本事業では、ヒトゲノム研究成果の共通研究基盤としての統合データベースの開発・提供に取り組み、ヒトゲノムに関する有用なバイオインフォマティクス関連データベースと各種解析用のソフトウエアを統合的に利用できるシステムを整備する。また、ヒトゲノムのアノテーション研究を実施し、ヒト遺伝子とタンパク質に関する生物学的な知識や他の生物の関連情報をデータベース化する。さらに、以上に必要な情報処理技術の研究開発や、比較ゲノム解析等を用いたゲノム配列からの情報抽出に関する基礎研究も推進する。これらの研究開発によって、基礎科学としてのバイオインフォマティクスの発展に寄与するだけでなく、広く産業界等へバイオ情報の高度な利用環境を提供することにより、我が国のバイオ産業における技術開発の促進に貢献する。 |
| キーワード | ヒト完全長cDNA国際アノテーションジャンボリー | 統合バイオデータベースシステム | ヒト完全長cDNA | 比較ゲノム | アノテーションシステム |
| 開始-終了年度 | 2000-2004 |
| 代表者 | 五條堀 孝 |
| 代表者所属組織 | 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター｜産業技術総合研究所 |
| 予算（百万円） | 3,026 |
| 代表委託機関 | （社）バイオ産業情報化コンソーシアム |
| 参加機関 | 産業技術総合研究所 | （株）日立製作所 |（株）シーズ・ラボ | （株）ダイナコム | 富士通（株）| 三井情報開発（株）| ビッツ（株）| ＣＲＣソリューションズ | （有）アクシオヘリックス | 協和発酵工業（株） |
| 論文等（PubMed ID） | 15103394 | 15860772 | 15608263 | 15572454 | 15557284 | 15208628 | 15180706 | 15045488 | 12799463 | 12082643 |
| 特許（日本、海外） | PCT/JP2004/011624 | JP2006-323830(A) | JP2006-072861(A) |
| アーカイブ |
成果物 (データベース、解析ツール)
G-compass
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要約 | G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト＋12生物種です（チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ）。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |
H-ANGEL
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要約 | H-ANGELは、ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示します。遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。H-ANGELはまた、遺伝子の発現情報をヒトゲノム上の対応する物理的位置上に表示します。これらの情報は、H-InvDBに蓄積された対応する転写産物あるいは遺伝子座のアノテーションデータにリンクされており、こうした統合を通じて、プラットフォーム横断的に遺伝子発現データを比較して眺めることができます。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 |
H-InvDB
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要約 | H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。 ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。 |
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| 主な対象データ | RNA ヒト完全長cDNA, mRNA |
LEGENDA
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要約 | Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。 |
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| 主な対象データ | 文献 、遺伝子、疾患、基質 |