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詳細情報

プロジェクト名 統合データベースプロジェクト
分野 ゲノムインフォマティックス
目的

これまでに経済産業省関連機関により実施された研究開発プロジェクトの成果等を整備することにより、ライフサイエンス分野における研究開発の促進に資するデータベースを構築することを目的とします。
紹介

経済産業省からの委託を受け、経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果であるデータベースに関する情報提供サイトを構築・運用します。また、ヒト遺伝子に関連した各種研究成果に関しては、平成17～19年度に実施したゲノム情報統合プロジェクトにおいて構築した、ヒト全遺伝子のアノテーション統合データベース (H-Invitational DB: http://www.h-invitational.jp/) を基礎として、経済産業省関連の研究成果を連携して利用できるシステムを構築します。
キーワード デ－タベ－ス｜解析ツ－ル｜成果物｜ポ－タル｜統合
開始-終了年度 2008-2010
代表者 五條堀　孝
代表者所属組織 国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ研究センター｜産業技術総合研究所　バイオメディシナル情報研究センター
予算（百万円） 70 (2008)
代表委託機関 バイオ産業情報化コンソーシアム
参加機関 バイオ産業情報化コンソーシアム｜産業技術総合研究所　バイオメディシナル情報研究センター | 日立公共システムエンジニアリング（株）|（株）日立ソリューションズ|（株）ダイナコム
論文等（PubMed ID） なし
特許（日本、海外） -
アーカイブ
平成20年度-22年度 産業技術研究開発「統合データベースプロジェクト」に関する報告書

成果物 (データベース、解析ツール)

H-DBAS

要約 H-DBASはヒトの選択的スプライシングのデータベースです。H-InvDBのデータを基に、ゲノムワイドで検出されたヒト選択的スプライシングの様々なアノテーション情報を提供しています。選択的スプライシングバリアントは全長性が保証され、冗長性のないユニークなもの（代表選択的スプライシングバリアント；RASV）が選ばれています。Flashでインタラクティブに操作できるビューアーを実装し、選択的スプライシングのパターンとタンパク機能の関係、ヒトとマウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌの各モデル生物との比較ゲノム解析による選択的スプライシングバリアントの種間保存などを視覚的に表示します。
主な対象データ ヒト・マウス完全長cDNA、ヒト・マウスmRNA、ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌRNA

H-InvDB

要約 H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。 ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。
主な対象データ RNA ヒト完全長cDNA, mRNA

リンク自動管理システム

要約 リンク自動管理システムは、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースへのリンクを簡単に設定し、自動更新できるツールです。詳細はこちらの解説を参照ください。
主な対象データ データ識別子（ID）

ID一括変換システム

要約 ID一括変換システムは、リンク自動管理システムのデータを利用して、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースのIDを相互に一括変換できるシステムです。詳細はこちらの解説を参照ください。
主な対象データ データ識別子（ID）

LEGENDA

要約 Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。
主な対象データ 文献 、遺伝子、疾患、基質

MEDALS

要約 このサイトです。経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果であるデータベースやツ－ルに関する情報提供サイトです。
主な対象データ メタデータ

PMID-Extractor

要約 ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScan (http://medals.jp/pubmedscan/ ) を使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。
主な対象データ 文献

PPI view

要約 PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction)情報を表示しています。主要な５つのPPIデータベース(BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct)から、データの収集・統合を行い、H-InvDBの独自予測されたタンパク質についてPPIの割り当てを行いました。その結果、9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。 (H-InvDB version 5.0時点)PPI viewはユーザーの興味あるタンパク質(遺伝子産物)と相互作用するタンパク質を表示し、そのタンパク質の遺伝子の位置(Locus view)や遺伝子の機能情報(cDNA view)へのリンク、そしてデータ元PPIデータベースへの参照情報や、文献、実験手法を表示します。PPI view: http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ PPI view サンプル画面:http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ppi_view.cgi?hip=HIP000084307
主な対象データ タンパク質-プロテオーム

PubMedScan

要約 新規関連文献お知らせツールPubMedScanは、NCBI PubMedの医学生物学の学術文献中から、興味のあるトピックスで新規にPubMedに登録された文献を定期的に(毎日)メールでお知らせするツールです。特徴は、１）サーチ条件は通常のキーワード入力ではなく、手持ちの文献（PubMed ID）リストで行います。２）新規文献から関連するものを定期的にメールでレポートします。３）文献関連指標には、PubMed が提供するRelated Articleの機能を利用しています。４）Web版（ver. 2.0）と、Linuxにインストールするローカル版（ver 1.1）があります。ローカル版では、UNIX(Linux/Macintosh)上での PHP、 MySQL、Apache、および各種Perlモジュールが必要です。 キーワード検索では漏れてしまう文献や、頻繁に見ないジャーナルの文献を拾えるので、調査漏れを防ぐのに非常に有効です。 PubMedScanの条件入力を助けるため、手持ちの複数の論文（PDFファイル）から、簡単にそれらのPubMed IDリストを得るソフト(PMID-Extractor)を提供しています。
主な対象データ PubMedに登録されている文献

VarySysDB

要約 VarySysDBは、ゲノム統合プロジェクトによって、H-Inv転写産物に関連付けられる形で注釈付けられたヒト多型情報を、公開する目的で作成されたデータベースです。つまり、転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて、情報整備して公開しています。VarySysDBでは、個々の多型情報ごと及び転写産物ごとに整備された情報を、検索し表示ができる他、キーワードによる検索も可能になりました。検索した情報はダウンロードもできます。
主な対象データ DNA-多型

関連プロジェクト