Home  プロジェクト一覧  機能性RNAプロジェクト

詳細情報

プロジェクト名 機能性RNAプロジェクト
分野 ゲノムインフォマティックス
目的

バイオインフォマティクスの活用による機能性RNAを推定する技術の開発、機能性RNA解析のための支援技術・ツールの開発、および機能性RNAの機能を解析することにより、本研究分野における我が国の優位性の確立を目指します。(NEDO：機能性RNAプロジェクト：事業・プロジェクト概要(http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p06011/p06011.html)より引用)
紹介

近年の研究により、我々哺乳類を含む高等生物の細胞中には、従来のタンパク質をコードするRNAとは異なり、タンパク質をコードしていないにもかかわらず転写されるnon-coding RNA（ncRNA：非コードRNA）が多数存在することが明らかになりました。これらは、機能性RNAとして、発生や細胞分化の過程において重要な役割を果たしており、がんや糖尿病などの疾患の発生にも深く関わっているものと考えられています。本プロジェクトでは、バイオインフォマティクスの活用による機能性RNAを推定する技術の開発、機能性RNA解析のための支援技術・ツールの開発、および機能性RNAの機能を解析することにより、本研究分野における我が国の優位性の確立を目指します。また、本プロジェクトにおける成果を素早く特許化することにより、将来的な医療・診断分野における新産業の創出に貢献します。(NEDO：機能性RNAプロジェクト：事業・プロジェクト概要(http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p06011/p06011.html)より引用)
キーワード 機能性RNA｜non-coding RNA｜バイオインフォマティクス｜機能解析｜ツール開発
開始-終了年度 2005-2009
代表者 渡辺　公綱
代表者所属組織 産業技術総合研究所　バイオメディシナル情報研究センター
予算（百万円） 4000
代表委託機関 バイオ産業情報化コンソーシアム
参加機関 バイオ産業情報化コンソーシアム｜協和発酵㈱｜みずほ情報総研㈱｜㈱インテックシステム研究所｜DNAチップ研究所㈱
論文等（PubMed ID） 16908501 | 17459961 | 18056736 | 18948287
特許（日本、海外） 調査中
アーカイブ
機能性RNA プロジェクト 中間年報 (平成１８年度～平成２０年度)

成果物 (データベース、解析ツール)

CentroidAlifold

要約 CentroidAlifoldはアラインメントされたRNA配列から二次構造を予測するツールです。CentroidAlifoldは、CentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA 二次構造

CentroidAlign

要約 CentroidAlignは、sum-of-pairスコア最大化法を利用して、精度よく、高速にRNAの多重アラインメントを作成します。ダウンロードページから３種のアーカイブ（linux(Intel用）、linux(AMD用）、windows）を取得できます。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA アラインメント

CentroidFold

要約 CentroidFoldはRNAの２次構造予測および共通２次構造予測を行うためのソフトウェアです。ベンチマークテストではMfoldやRNAfoldよりも優れた予測性能を発揮することが確かめられています。
主な対象データ RNA

CentroidHomfold

要約 CentroidHomfoldは相同性配列を使ったRNAの2次構造予測を行います。ダウンロード版とWebサーバー版が提供されています。CentroidHomfoldはCentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ 二次構造

MXSCARNA

要約 RNA配列のマルチプルアラインメントツールです。それぞれのRNA配列の塩基対確率行列を用いて、配列群の共通二次構造を考慮してアラインメントします。
主な対象データ RNA 　（RNA配列）

Murlet

要約 MurletはSankoffアルゴリズムにもとづきRNAのマルチプルアライメントを高速かつ低メモリに作成するプログラムです。産業技術総合研究所の生命情報工学研究センターで開発されました。
主な対象データ RNA

PHMMTS

要約 PHMMTS法を利用して未知二次構造配列を既知の二次構造配列にアラインメントするツールです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA

PSTAG

要約 PSTAGはRNAの偽結び目構造をアラインメント及び予測することができます。PSTAGアルゴリズムをベースとしたプログラムは、RNAの偽結び目構造や、さらにはncRNAの比較解析に、初めてグラマベースの実質的に実行可能なソフトウェアである。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA

RNAmine

要約 RNAmineはRNA配列群から頻出するステムのパターンをグラフマイニングと呼ばれる情報技術を用いて抽出するためのソフトウェアです。
主な対象データ RNA RNA配列群

Rfold

要約 構造RNAの配列解析に、二次構造エネルギー的な塩基対の組みやすさを示す塩基対確率行列がこれまでよく使われてきました。近年、高等真核生物においてタンパク質をコードしないRNAが大量に転写されていることがわかり、これらのRNAの配列解析研究をするために、非常に長いゲノム上の領域に対して、（塩基対間距離がW以下に制限された）局所的な塩基対確率を求める方法の必要性が増しています。 従来このような確率を計算するプログラムには、非現実的に単純化されたモデルを用いるものや、近似的な計算手法を用いるものしかありませんでした。 Rfoldは、二次構造のエネルギーモデルに基づき局所塩基対確率を近似なしに計算することができる初めてのソフトウェアです。 配列長をNとしたとき、RfoldはO(NW２)の時間計算量と、O(N＋W2)領域計算量で局所塩基対確率の計算を行います。 さらにRfoldには、近年その有効性が確かめられてきている、期待精度最大化(Maximal Expected Accuracy)法に基づき、二次構造を予測するアルゴリズムが実装されています。
主な対象データ RNA

Stem Kernels

要約 StemKernelsは二次構造の観点から、RNAペア間の相同性を計測する為の、構造RNA用カーネル関数を実装したツールです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA

機能性RNA配列データベース

要約 fRNAdbは、既存のRNAデータベースから収集した既知及び予測RNAの配列情報と、機能性RNAプロジェクトで採取したものや予測したRNA配列情報を提供しています。 各配列には文献情報やゲノム上の位置、類似配列の情報などが関連付けられています。 強力なキーワード検索と相同性検索機能を提供しています。
主な対象データ RNA

機能性RNAゲノムブラウザー

要約 機能性RNAゲノムブラウザーは、UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧可能です。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。
主な対象データ 比較ゲノム

miRRim

要約 miRRimは隠れマルコフモデル（HMM）をベースとしたmiRNA遺伝子の予測ツールです。このツールでは、miRNAの進化的、二次構造の特徴が多次元ベクトルシーケンスで表現されています。HMMsは配列の連続値を計算し、ベクトルシーケンスに利用されるモデルです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA 　(miRNA)

関連プロジェクト

なし