MEDALS ツール便覧 RNA

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ツール便覧

RNA ( 16件 )

10件ずつ表示

CentroidFold

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	CentroidFoldはRNAの２次構造予測および共通２次構造予測を行うためのソフトウェアです。ベンチマークテストではMfoldやRNAfoldよりも優れた予測性能を発揮することが確かめられています。
	主な対象データ	RNA

HEAT

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
	主な対象データ	アノテーション

Idiographica

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	Idiographicaは、自分用のイデオグラムを作成するウェブサーバーです。ウェブ入力フォームに情報を入力してから、submitボタンをクリックしてください。ldiographicaサーバーからあなたにイデオグラム作成完了をお知らせするメールが届きます。イデオグラムは如何なる制約や義務も必要と致しません。（オリジナルサイトから翻訳）
	主な対象データ	染色体

LAST

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。
	主な対象データ	DNA-配列　RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット

MXSCARNA

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	RNA配列のマルチプルアラインメントツールです。それぞれのRNA配列の塩基対確率行列を用いて、配列群の共通二次構造を考慮してアラインメントします。
	主な対象データ	RNA 　（RNA配列）

Murlet

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	MurletはSankoffアルゴリズムにもとづきRNAのマルチプルアライメントを高速かつ低メモリに作成するプログラムです。産業技術総合研究所の生命情報工学研究センターで開発されました。
	主な対象データ	RNA

PMID-Extractor

なし [ 詳細を見る ]	要約	ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScan (http://medals.jp/pubmedscan/ ) を使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。
	主な対象データ	文献

RNAi活性予測アルゴリズムによるsiRNA設計ツール　"siExplorer"

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	siExplorerはRNAi活性予測アルゴリズムによるsiRNA設計ツールです。
	主な対象データ	RNA siRNA

RNAmine

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	RNAmineはRNA配列群から頻出するステムのパターンをグラフマイニングと呼ばれる情報技術を用いて抽出するためのソフトウェアです。
	主な対象データ	RNA RNA配列群

Rfold

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	構造RNAの配列解析に、二次構造エネルギー的な塩基対の組みやすさを示す塩基対確率行列がこれまでよく使われてきました。近年、高等真核生物においてタンパク質をコードしないRNAが大量に転写されていることがわかり、これらのRNAの配列解析研究をするために、非常に長いゲノム上の領域に対して、（塩基対間距離がW以下に制限された）局所的な塩基対確率を求める方法の必要性が増しています。従来このような確率を計算するプログラムには、非現実的に単純化されたモデルを用いるものや、近似的な計算手法を用いるものしかありませんでした。 Rfoldは、二次構造のエネルギーモデルに基づき局所塩基対確率を近似なしに計算することができる初めてのソフトウェアです。配列長をNとしたとき、RfoldはO(NW２)の時間計算量と、O(N＋W2)領域計算量で局所塩基対確率の計算を行います。さらにRfoldには、近年その有効性が確かめられてきている、期待精度最大化(Maximal Expected Accuracy)法に基づき、二次構造を予測するアルゴリズムが実装されています。
	主な対象データ	RNA

SAMURAI

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	広域遺伝子発現データから遺伝子モジュールを超高速かつ網羅的に検索するツールです。
	主な対象データ	遺伝子発現

SOKOS/CAN

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	確率文脈自由文法でRNA配列解析を行うツールです。
	主な対象データ	RNA 　RNA配列

SPALN

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。
	主な対象データ	比較ゲノム

Scarna

[ 公式サイト (リンク調整中) ] [ 詳細を見る ]	要約	ncRNA.org Projectの類似RNAの構造アラインメント、検索ツールです。
	主な対象データ	RNA

TACT

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool (TACT)は相同性検索(BLASTX, FASTY)、ORF予測、モチーフ検索解析(InterProScan)を統合し、真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステムです。TACTはH-Invitationalプロジェクトの一環として開発され、ヒト遺伝子アノテーション統合データベースH-Invitational Database (H-InvDB)の構築・発展に貢献しています。
	主な対象データ	DNA-配列

miRRim

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	miRRimは隠れマルコフモデル（HMM）をベースとしたmiRNA遺伝子の予測ツールです。このツールでは、miRNAの進化的、二次構造の特徴が多次元ベクトルシーケンスで表現されています。HMMsは配列の連続値を計算し、ベクトルシーケンスに利用されるモデルです。（オリジナルサイトから翻訳）
	主な対象データ	RNA 　(miRNA)

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