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RNA ( 31件 )

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A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity

要約 このプログラムは、生物活性と塩基配列を関連付け、その生物活性に関連した最適塩基配 列を抽出する解析プログラムです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ DNA-モチーフ

CentroidAlifold

要約 CentroidAlifoldはアラインメントされたRNA配列から二次構造を予測するツールです。CentroidAlifoldは、CentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA 二次構造

CentroidAlign

要約 CentroidAlignは、sum-of-pairスコア最大化法を利用して、精度よく、高速にRNAの多重アラインメントを作成します。ダウンロードページから３種のアーカイブ（linux(Intel用）、linux(AMD用）、windows）を取得できます。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA アラインメント

CentroidFold

要約 CentroidFoldはRNAの２次構造予測および共通２次構造予測を行うためのソフトウェアです。ベンチマークテストではMfoldやRNAfoldよりも優れた予測性能を発揮することが確かめられています。
主な対象データ RNA

CentroidHomfold

要約 CentroidHomfoldは相同性配列を使ったRNAの2次構造予測を行います。ダウンロード版とWebサーバー版が提供されています。CentroidHomfoldはCentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ 二次構造

HEAT

要約 H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
主な対象データ アノテーション

IPknot

要約 RNAの特殊な2次構造である偽結び目構造（シュードノット）を期待精度最大化法で予測するツールです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA 偽結び目構造

Idiographica

要約 Idiographicaは、自分用のイデオグラムを作成するウェブサーバーです。ウェブ入力フォームに情報を入力してから、submitボタンをクリックしてください。ldiographicaサーバーからあなたにイデオグラム作成完了をお知らせするメールが届きます。イデオグラムは如何なる制約や義務も必要と致しません。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ 染色体

LAST

要約 DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。
主な対象データ DNA-配列 　RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット

MAFFT

要約 MAFFTはUNIX系OSで稼働する多重アラインメントプログラムです。このプログラムはL-INS-iやFFT-NS-2などの範囲で多重アラインメント法が利用できます。ダウンロード版（MacOS X用、Windows用、Linux用、Sourceファイル）とオンライン版を提供しています。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ DNA-配列 アラインメント

MXSCARNA

要約 RNA配列のマルチプルアラインメントツールです。それぞれのRNA配列の塩基対確率行列を用いて、配列群の共通二次構造を考慮してアラインメントします。
主な対象データ RNA 　（RNA配列）

Murlet

要約 MurletはSankoffアルゴリズムにもとづきRNAのマルチプルアライメントを高速かつ低メモリに作成するプログラムです。産業技術総合研究所の生命情報工学研究センターで開発されました。
主な対象データ RNA

PHMMTS

要約 PHMMTS法を利用して未知二次構造配列を既知の二次構造配列にアラインメントするツールです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA

PMID-Extractor

要約 ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScan (http://medals.jp/pubmedscan/ ) を使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。
主な対象データ 文献

PSTAG

要約 PSTAGはRNAの偽結び目構造をアラインメント及び予測することができます。PSTAGアルゴリズムをベースとしたプログラムは、RNAの偽結び目構造や、さらにはncRNAの比較解析に、初めてグラマベースの実質的に実行可能なソフトウェアである。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA

RNAi活性予測アルゴリズムによるsiRNA設計ツール　"siExplorer"

要約 siExplorerはRNAi活性予測アルゴリズムによるsiRNA設計ツールです。
主な対象データ RNA siRNA

RNAmine

要約 RNAmineはRNA配列群から頻出するステムのパターンをグラフマイニングと呼ばれる情報技術を用いて抽出するためのソフトウェアです。
主な対象データ RNA RNA配列群

Raccess

要約 RNA転写産物の構造的アクセシビリティーをゲノムスケールで計算するツールです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA

RactIP

要約 整数計画を使ったRNA-RNA相互作用の高速かつ精度のよい予測を行うツールです。バージョン0.0.1と0.0.2のソースコード、Windows用、Linux用が準備されています。
主な対象データ RNA RNA-RNA インタラクション

Recount

要約 次世代シーケンサーの誤読による配列度数誤差を修正するプログラムです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ DNA-配列 　次世代シーケンサーデータ

Rfold

要約 構造RNAの配列解析に、二次構造エネルギー的な塩基対の組みやすさを示す塩基対確率行列がこれまでよく使われてきました。近年、高等真核生物においてタンパク質をコードしないRNAが大量に転写されていることがわかり、これらのRNAの配列解析研究をするために、非常に長いゲノム上の領域に対して、（塩基対間距離がW以下に制限された）局所的な塩基対確率を求める方法の必要性が増しています。 従来このような確率を計算するプログラムには、非現実的に単純化されたモデルを用いるものや、近似的な計算手法を用いるものしかありませんでした。 Rfoldは、二次構造のエネルギーモデルに基づき局所塩基対確率を近似なしに計算することができる初めてのソフトウェアです。 配列長をNとしたとき、RfoldはO(NW２)の時間計算量と、O(N＋W2)領域計算量で局所塩基対確率の計算を行います。 さらにRfoldには、近年その有効性が確かめられてきている、期待精度最大化(Maximal Expected Accuracy)法に基づき、二次構造を予測するアルゴリズムが実装されています。
主な対象データ RNA

SAMURAI

要約 広域遺伝子発現データから遺伝子モジュールを超高速かつ網羅的に検索するツールです。
主な対象データ 遺伝子発現

SCARNA Local Multiple

要約 SCARNA_LMはRNA配列のローカルマルチプルアラインメントツールです。Rfold（Phuongがタンパク質のローカルマルチプルアラインメント用に提唱した、効果的なアラインメント構築手法を利用している。）で計算した塩基対確率として二次構造機能を取り込んだ、判別可能なペアアラインメントモデルをベースにしています。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA アラインメント

SLIDESORT

要約 編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ DNA-配列 タンパク質-配列

SOKOS/CAN

要約 確率文脈自由文法でRNA配列解析を行うツールです。
主な対象データ RNA 　RNA配列

SPALN

要約 SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。
主な対象データ 比較ゲノム

Scarna

[ 公式 サイト (リンク調整中) ]
[ 詳細を見る ]
要約 ncRNA.org Projectの類似RNAの構造アラインメント、検索ツールです。
主な対象データ RNA

Stem Kernels

要約 StemKernelsは二次構造の観点から、RNAペア間の相同性を計測する為の、構造RNA用カーネル関数を実装したツールです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA

TACT

要約 Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool (TACT)は相同性検索(BLASTX, FASTY)、ORF予測、モチーフ検索解析(InterProScan)を統合し、真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステムです。TACTはH-Invitationalプロジェクトの一環として開発され、 ヒト遺伝子アノテーション統合データベースH-Invitational Database (H-InvDB)の構築・発展に貢献しています。
主な対象データ DNA-配列

miRRim

要約 miRRimは隠れマルコフモデル（HMM）をベースとしたmiRNA遺伝子の予測ツールです。このツールでは、miRNAの進化的、二次構造の特徴が多次元ベクトルシーケンスで表現されています。HMMsは配列の連続値を計算し、ベクトルシーケンスに利用されるモデルです。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ RNA 　(miRNA)

tantan

要約 tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。 ２つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。 tantanはアーカイブでダウンロードできます。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ DNA-配列 、RNA、 アミノ酸
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