ツール便覧
RNA ( 10/31件 )
A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity
|
要約 | このプログラムは、生物活性と塩基配列を関連付け、その生物活性に関連した最適塩基配 列を抽出する解析プログラムです。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|---|
| 主な対象データ | DNA-モチーフ |
CentroidAlifold
|
要約 | CentroidAlifoldはアラインメントされたRNA配列から二次構造を予測するツールです。CentroidAlifoldは、CentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|---|
| 主な対象データ | RNA 二次構造 |
CentroidAlign
|
要約 | CentroidAlignは、sum-of-pairスコア最大化法を利用して、精度よく、高速にRNAの多重アラインメントを作成します。ダウンロードページから３種のアーカイブ（linux(Intel用）、linux(AMD用）、windows）を取得できます。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|---|
| 主な対象データ | RNA アラインメント |
CentroidFold
|
要約 | CentroidFoldはRNAの２次構造予測および共通２次構造予測を行うためのソフトウェアです。ベンチマークテストではMfoldやRNAfoldよりも優れた予測性能を発揮することが確かめられています。 |
|---|---|---|
| 主な対象データ | RNA |
CentroidHomfold
|
要約 | CentroidHomfoldは相同性配列を使ったRNAの2次構造予測を行います。ダウンロード版とWebサーバー版が提供されています。CentroidHomfoldはCentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|---|
| 主な対象データ | 二次構造 |
HEAT
|
要約 | H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。 |
|---|---|---|
| 主な対象データ | アノテーション |
IPknot
|
要約 | RNAの特殊な2次構造である偽結び目構造（シュードノット）を期待精度最大化法で予測するツールです。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|---|
| 主な対象データ | RNA 偽結び目構造 |
Idiographica
|
要約 | Idiographicaは、自分用のイデオグラムを作成するウェブサーバーです。ウェブ入力フォームに情報を入力してから、submitボタンをクリックしてください。ldiographicaサーバーからあなたにイデオグラム作成完了をお知らせするメールが届きます。イデオグラムは如何なる制約や義務も必要と致しません。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|---|
| 主な対象データ | 染色体 |
LAST
|
要約 | DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。 |
|---|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット |
MAFFT
|
要約 | MAFFTはUNIX系OSで稼働する多重アラインメントプログラムです。このプログラムはL-INS-iやFFT-NS-2などの範囲で多重アラインメント法が利用できます。ダウンロード版（MacOS X用、Windows用、Linux用、Sourceファイル）とオンライン版を提供しています。（オリジナルサイトから翻訳） |
|---|---|---|
| 主な対象データ | DNA-配列 アラインメント |