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その他 ( 10/24件 )

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ADMER2

要約 ADMER*とは、独立行政法人 産業技術総合研究所(AIST)が開発した化学物質の大気環境濃度推定及び曝露評価を行なうモデルと一連のシステムであり、以下の機能を備えています。 * 気象データの作成・確認 * 化学物質排出量データの作成・確認 * 化学物質大気中濃度及び沈着量の計算 * 曝露人口の推計 * 計算結果図化 * 計算結果ヒストグラム表示 * 正式名称：産総研－曝露・リスク評価大気拡散モデル (AIST-ADMER)、 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology - Atmospheric Dispersion Model for Exposure and Risk Assessment
主な対象データ 化合物 対象年のアメダスデータ（CD-ROM）、または、Version 2.5からは対象年のADMER専用アメダスデータ・・・気象データ作成に利用 * 対象化学物質の排出量に関するデータ(点源排出量、県別・市町村別排出量等) ・・・グリッド排出量データ作成に利用

CADLIVE

要約 CADLIVE とは、生命ネットワーク（代謝、遺伝子発現ネットワーク）解明のために、GUI を用いてネットワークを構築し、シミュレータと連携可能な形式でデータベースに保存す ることができるシステムです。複雑な分子間相互作用をもつ生命ネットワークを化学反応 式によって記述することができます。本システムはGUIネットワークコンストラクター、仮想ノックアウト変異に対するパスウェイ検索プログラム、グリッドレイアウトプログラム、代謝制御ツールから構成されています。ネットワークコンストラクターは大規模代謝ネットワークマップを作成できます。仮想ノックアウト変異様のパスウェイサーチプログラムは２生物間の全ての可能性を探索するため、ノックアウト変異に対しては応用できます。グリッドレイアウトプログラムは生化学ネットワークマップを２次元グリッド上に自動投射します。ダイナミックシミュレーターは、生化学ネットワークマップを動的モデルに変換し、それらダイナミクスをシミュレートします。代謝制御ツールは要素モードをベースとしたアルゴリズムで開発されました。本システム開発の一部はNEDOプロジェクトからの財政的サポートで実施されました。(オリジナルサイトから)
主な対象データ 代謝産物

Dr DMASS

要約 Dr DMASSはマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており（i）ピーク補正、（ⅱ）多変量データの処理、および（iii）多変量解析の３つのステップから構成されています。ピーク補正過程では、internal mass calibrants（IMCs）による実験的な値と期待値間の関係に基づいた実験的なm/z値を選び出します。このソフトウェアとイントロダクションマニュアルはこのサイトで自由に利用可能です。このソフトウェアを使うためにはユーザーのコンピュータにJavaのJ2SDK 1.4.2がインストールされている必要があります。（出典：オリジナルサイトより）
主な対象データ マススペクトル

Dr DMASS+

要約 Dr DMASS+はマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており（i）ピーク補正、（ii）多変量データの処理、および（iii）教師なし学習　(iv)教師あり学習の４つのステップから構成されています（出典：オリジナルサイトより）。 Dr DMASS( http://medals.jp/list/detail/116 )に（iii）（iv）を加えた後継のツールです。
主な対象データ マススペクトル

FragmentAlign

要約 GC-MS分析による検出ピークを、溶出時間およびピークのMSフラグメントパターンの類似性を用いてアラインメントし、その結果をGUIで編集できるJavaソフトウェア。数十件のNIST形式およびMassBaseのMSTフォーマットのデータファイルを読み込んでアライメント処理することができる。編集機能としてはピークグループへのピークの追加と削除、ピークグループの追加と削除、ピークやピークグループのマージ、などが可能である。MSフラグメントのデータライブラリーに対して検索することで、ピークの化合物名の同定や推定（アノテーション）を行うことができる。データライブラリーはユーザが個別に追加、編集することができる。処理結果はタブテキスト形式で出力され、Excel等で開いて比較および統計的解析処理を行うことができる。旧バージョン（Metabolometrisc）もダウンロード可能である。
主な対象データ 代謝産物 、マススペクトル

GRIFFIN

要約 入力されたGPCR配列と選択的に結合するGプロテインを予測するハイスループットシステムです。
主な対象データ タンパク質-配列 、アミノ酸配列

GRisk

要約 GRISKは、小家系データに基づきメンデル性遺伝疾患の遺伝的リスクを算出する、Windows用のソフトウェアです。家系に関する情報を登録する家系データ登録画面と、疾患に関する情報を登録しリスクを算出する疾患情報画面から構成されます。登録された家系データと疾患情報を組み合わせることによって、家系構成員に対する遺伝的リスクを算出することが出来ます。
主な対象データ 疾患リスク

HEAT

要約 H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
主な対象データ アノテーション

HapRisk

要約 HapRiskは、質的表現型とハプロタイプの同時推定アルゴリズムを用いて、表現型が不明で遺伝子型データが得られている個体について、当該表現型の発現確率を算出するWindows上で稼動するソフトウェアです。本ソフトウェアは、検体から得られた遺伝子型データに基づき、臨床や検査現場で、個体の発症リスクを算出することを目的としています。
主な対象データ 発現リスク

ID一括変換システム

要約 ID一括変換システムは、リンク自動管理システムのデータを利用して、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースのIDを相互に一括変換できるシステムです。詳細はこちらの解説を参照ください。
主な対象データ データ識別子（ID）
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