MEDALS ツール便覧ゲノム・遺伝子

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ゲノム・遺伝子 ( 13件 )

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ALN

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、１本の塩基配列、１本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測（タンパク質をコードするエキソンの予測）を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳)
	主な対象データ	DNA配列、アミノ酸配列

ALNGG

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	２生物間のゲノム比較によってタンパクコード遺伝子を検出します。
	主な対象データ	DNA-配列、ゲノム

ASIAN

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	ASIANは、ネットワーク推定ツールです。ネットワーク推定は、グラフィカル・ガウシアン・モデリングに基づいて実行されます。特に、生命情報に特徴的な冗長なデータに対しても頑強に推定が可能なように、クラスター解析との組み合わせによる推定を可能にしています。
	主な対象データ	遺伝子発現プロファイル

GUPPY

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	遺伝子配列におけるデータの意味を注釈した情報を、分かりやすいグラフィカルなレイアウトに表示するプログラムです。
	主な対象データ	DNA-配列

GeneDecoder

[ 公式サイト (リンク調整中) ] [ 詳細を見る ]	要約	GeneDecoderは、隠れマルコフモデルをベースとした真核生物ゲノムのDNA塩基配列から遺伝子を予測するソフトウェアです。
	主な対象データ	DNA-配列、真核生物の遺伝子

HEAT

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
	主な対象データ	アノテーション

LAST

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。
	主な対象データ	DNA-配列　RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット

MDV

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	Motif Distribution Viewer (MDV)は、プロモーター・モチーフの転写開始点（TSS)付近の位置分布を表示するツールです。プロモーター群をユーザーが指定できます（オリジナルサイトからの訳）。ツールはオリジナルサイトでも利用できますし、ダウンロードしてローカルマシンで利用することもできます。
	主な対象データ	DNA-モチーフ

PMID-Extractor

なし [ 詳細を見る ]	要約	ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScan (http://medals.jp/pubmedscan/ ) を使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。
	主な対象データ	文献

PRRN

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和（WSPスコア）を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント（例えばプログレッシブ（累進法）アラインメント）の改良に特に有効です。
	主な対象データ	DNA配列、アミノ酸配列

SNP-system

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	これまでに「遺伝子多様性モデル解析事業」において開発された、遺伝子型と表現型との関連を検定するアルゴリズムを中心としたソフトウェア「QTLhaplo」や遺伝統計に基づく解析ソフトウェアを集め、共通のインターフェイスで統合したSNP-systemの開発を行い、公開しました。
	主な対象データ	DNA-配列

SPALN

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。
	主な対象データ	比較ゲノム

予測プログラム

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	遺伝子削除可能領域予測プログラムは、データベース上の情報を元に必須遺伝子や合成致死となる遺伝子を含まず、かつ欠失変異により増殖遅延などの不利な形質が現れないような遺伝子が連続して並んでいる領域を検索するプログラムです。（出典：事後評価報告書より）
	主な対象データ	DNA-配列

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