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ゲノム・遺伝子 ( 10/13件 )

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ALN

要約 Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、１本の塩基配列、１本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測（タンパク質をコードするエキソンの予測）を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳)
主な対象データ DNA配列、アミノ酸配列

ALNGG

要約 ２生物間のゲノム比較によってタンパクコード遺伝子を検出します。
主な対象データ DNA-配列 、ゲノム

ASIAN

要約 ASIANは、ネットワーク推定ツールです。ネットワーク推定は、グラフィカル・ガウシアン・モデリングに基づいて実行されます。特に、生命情報に特徴的な冗長なデータに対しても頑強に推定が可能なように、クラスター解析との組み合わせによる推定を可能にしています。
主な対象データ 遺伝子発現 プロファイル

GUPPY

要約 遺伝子配列におけるデータの意味を注釈した情報を、分かりやすいグラフィカルなレイアウトに表示するプログラムです。
主な対象データ DNA-配列

GeneDecoder

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要約 GeneDecoderは、隠れマルコフモデルをベースとした真核生物ゲノムのDNA塩基配列から遺伝子を予測するソフトウェアです。
主な対象データ DNA-配列 、真核生物の遺伝子

HEAT

要約 H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
主な対象データ アノテーション

LAST

要約 DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。
主な対象データ DNA-配列 　RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット

MDV

要約 Motif Distribution Viewer (MDV)は、プロモーター・モチーフの転写開始点（TSS)付近の位置分布を表示するツールです。プロモーター群をユーザーが指定できます（オリジナルサイトからの訳）。ツールはオリジナルサイトでも利用できますし、ダウンロードしてローカルマシンで利用することもできます。
主な対象データ DNA-モチーフ

PMID-Extractor

要約 ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScan (http://medals.jp/pubmedscan/ ) を使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。
主な対象データ 文献

PRRN

要約 PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和（WSPスコア）を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント（例えばプログレッシブ（累進法）アラインメント）の改良に特に有効です。
主な対象データ DNA配列、アミノ酸配列
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