MEDALS データベース便覧蛋白質

ARCHAIC

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供するデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的方法によって解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行う目的で構築されました。下記３種の情報を格納しています(Pyrococcus sp. OT3, Thermoplasma volcanium GSS1, Archaeoglobus fulgidus)。
	主な対象データ	DNA-配列、ゲノム

ARMLiPDB

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	ARMLiPDBは、マウス肝蛋白質の年齢軸発現データベースです。年齢軸に沿った網羅的肝蛋白質発現解析を、核と細胞質、それぞれの分画蛋白質の網羅的解析を二次元電気泳動と質量計等を駆使するプロテオミックス最先端解析方法で行い、結果を網羅的年齢軸変動データベースとして公開しています。 [出典] ・重点研究支援業務成果報告書（平成１4年度～平成１9年度） http://www.jst.go.jp/koryu/csspr/h14/h14-06.pdf ・JITA ニュースレター(January, 2008. No.16) http://www.jita.or.jp/news/dl/index16.pdf
	主な対象データ	遺伝子発現

ConfC

[ 公式サイト (リンク調整中) ] [ 詳細を見る ]	要約	本データベースは、現在得られているタンパク質立体構造からこの動的情報を抽出しデータベース化したもので、1）進化的構造変化、 2）結合による構造変化、3）構造的揺らぎの3種類をそれぞれ個別に分類したものです。
	主な対象データ	タンパク質-立体構造

DB-SPIRE

[ 公式サイト (リンク調整中) ] [ 詳細を見る ]	要約	実験的または配列解析（ホモロジーサーチとマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。アミノ酸配列モチーフデータベースとして、PROSITEとBLOCKSの2種類を用いました。前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。
	主な対象データ	タンパク質-モチーフ

Evola

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと13のモデル生物とのオルソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報(dN/dS view)、重複遺伝子ファミリービューアー(Gene family view)などを提供しています。オルソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグ、のヒト＋13生物種です。
	主な対象データ	比較ゲノム

EzCatDB

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	EzCatDBデータベースでは、酵素立体構造情報、文献情報などに基づいて、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各酵素エントリーには、酵素番号(EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクが張られています。
	主な対象データ	タンパク質-立体構造酵素

GENIUS II

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて各生物種ゲノムの全ORFを構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。
	主な対象データ	タンパク質-配列アミノ酸配列

GenoBase

[ 公式サイト ] \| [ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。
	主な対象データ	アノテーション

H-InvDB

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。
	主な対象データ	RNA ヒト完全長cDNA, mRNA

HGPD

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データを格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。（論文からhttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkn872?ijkey=zKpNqhZH6jrUuzi&keytype=ref）
	主な対象データ	DNA-配列

INOH Pathway Database

[ 公式サイト (リンク調整中) ] [ 詳細を見る ]	要約	ヒト、マウス、ラット等のモデル動物のパスウェイデータベースです。シグナル伝達パスウェイや代謝を構成する複層的生体分子の関係などの情報を含みます。（備考：BioPAX） INOH 2.5が2010年4月9日にリリースされました。
	主な対象データ	タンパク質-プロテオーム

LEGENDA

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。
	主な対象データ	文献、遺伝子、疾患、基質

NBRCオンラインカタログ検索

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	NITEのNBRCが保有する微生物株(約15400株)の検索ができます。検索方法は４つあり、NBRC番号、キーワード、学名や他機関番号、ホモロジー検索です。検索結果では微生物株ごとの学名、来歴、他機関番号、培養条件、応用・論文情報を知ることができます。また、原核生物(16SrDNA)と真核生物（28rDNA）のシーケンス情報を登録しているため、シーケンス情報からリソースの検索と同一性を確認できる。（NBRCポスターより）
	主な対象データ	DNA-配列

PDB-REPRDB

[ 公式サイト (リンク調整中) ] [ 詳細を見る ]	要約	PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を提供するデータベースです。また、SCOP の分類をもとに、coiled coil proteins と peptides のチェインは分類対象から除くものとします。
	主な対象データ	タンパク質-立体構造タンパク質チェイン

PPI view

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction)情報を表示しています。主要な５つのPPIデータベース(BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct)から、データの収集・統合を行い、H-InvDBの独自予測されたタンパク質についてPPIの割り当てを行いました。その結果、9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。 (H-InvDB version 5.0時点)PPI viewはユーザーの興味あるタンパク質(遺伝子産物)と相互作用するタンパク質を表示し、そのタンパク質の遺伝子の位置(Locus view)や遺伝子の機能情報(cDNA view)へのリンク、そしてデータ元PPIデータベースへの参照情報や、文献、実験手法を表示します。PPI view: http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ PPI view サンプル画面:http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ppi_view.cgi?hip=HIP000084307
	主な対象データ	タンパク質-プロテオーム

ProSeg

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	PrpSegは、タンパク質分子の部分構造を網羅的に分類、整理したデータベースです。7万以上のセグメントが主鎖の構造類似性にしたがって数千個程度のクラスタに分類されています。 [出典] 産総研プレスリリース(2008.4.5) http://unit.aist.go.jp/brf/brf-breed/ci/outputs/
	主な対象データ	タンパク質-モチーフ

SEVENS

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	GPCR遺伝子の網羅的データベースです。7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。32の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法で、遺伝子を高精度に同定しています。
	主な対象データ	タンパク質-配列アミノ酸配列

TMBETA-GENOME

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。その他、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行う"TMBETA-DISC"や"TMBETA-SVM"などのツールも提供されています。
	主な対象データ	タンパク質-立体構造

TraP

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	７種の古細菌の解糖系などの代謝経路を比較したデータベースです。
	主な対象データ	代謝産物

VarySysDB

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	VarySysDBは、ゲノム統合プロジェクトによって、H-Inv転写産物に関連付けられる形で注釈付けられたヒト多型情報を、公開する目的で作成されたデータベースです。つまり、転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて、情報整備して公開しています。VarySysDBでは、個々の多型情報ごと及び転写産物ごとに整備された情報を、検索し表示ができる他、キーワードによる検索も可能になりました。検索した情報はダウンロードもできます。
	主な対象データ	DNA-多型

ラットの脳断面図

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	ラットの脳断面の画像データを７枚見ることができるデータベース。画像は超精細画像であり、拡大表示するとニューロンが見える。産業技術総合研究所、(株)映像美術院、(株)PFUの協力により作成された。（オリジナルサイトから）
	主な対象データ	形態画像

微生物データベースシステム

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。
	主な対象データ	文献旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど

糸状菌ゲノム・転写制御データベース

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油など、発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。 EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為にシングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。
	主な対象データ	DNA-配列

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蛋白質 ( 23件 )