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ARMLiPDB

要約 ARMLiPDBは、マウス肝蛋白質の年齢軸発現データベースです。 年齢軸に沿った網羅的肝蛋白質発現解析を、核と細胞質、それぞれの分画蛋白質の網羅的解析を二次元電気泳動と質量計等を駆使するプロテオミックス最先端解析方法で行い、結果を網羅的年齢軸変動データベースとして公開しています(現在は運用していないようです)。 [出典] ・重点研究支援業務成果報告書（平成１4年度～平成１9年度） http://www.jst.go.jp/koryu/csspr/h14/h14-06.pdf ・JITA ニュースレター(January, 2008. No.16) http://www.jita.or.jp/news/dl/index16.pdf
主な対象データ 遺伝子発現

ATTED II

要約 ATTED IIは遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供するデータベースです。共発現遺伝子データソースはAtGenExpressで集められた公に使えるマイクロアレイデータ（58実験、1388スライド）です。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank（MR）です。3月にCoeXSearch機能が付け加わりました。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。
主な対象データ 遺伝子発現 、マイクロアレイ、パスウェイ

Arch GeNet

要約 好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)の好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した。　また、3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで解析した。
主な対象データ 遺伝子発現

CELLPEDIA

要約 CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。 各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています（出典：オリジナルサイトより）。
主な対象データ 細胞

CGH Data Base

要約 CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。
主な対象データ 病気-ガン

CellMontage

要約 CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。
主な対象データ 遺伝子発現 、細胞、組織

CoP

要約 CoPは植物の共発現する遺伝子と生物学的プロセスを統合したデータベースです。生物学的プロセスの情報は遺伝子オントロジーの側面を基礎にしています。このデータベースの配列情報はTAIRデータベースから取得されています。共発現解析は、共発現ネットワーク解析のアプローチであるConfeitoアルゴリズムを利用して実行しています。2009年3月12日にCoexProcessデータベースからリニューアルバージョンになりました。リニューアルバージョンには、シロイヌナズナ（5257、3654、1388アッセイ）と、ポプラ（95アッセイ）のDNAマイクロアレイデータセットが格納されています。このデータベースは毎月充実されていく予定です。（出典：オリジナルサイトから）
主な対象データ 遺伝子発現

DAGViz

要約 DAGVizはイロイヌナズナ遺伝子をはじめとする46の生物種のオントロジーを検索・閲覧できるデータベースです。GO termや遺伝子産物の名前からGOの検索ができます。 検索画面では、PubMedや遺伝子産物のハイパーリンクで詳細情報を得ることができます。GO termをDAG（各GO termからBiological Processなどのトップ・タームまでのGO termのパス）を表示することが可能です。各GO termを色別に表したカラーチャートで表示することができます。複数のカラーチャートを並べることで、対照実験などで観察されるGO termを容易に比較することができます。（オリジナルサイトから）
主な対象データ アノテーション GO

DIAM

要約 遺伝子組換え技術を利用する事業者の利便性向上と安全・安心に対する社会的要請に応える方策の一助として、本システム（微生物産業利用支援データベース、DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes）（略称：ＤＩＡＭ）を構築した。 本システムは、産業界におけるバイオセイフティ情報源としての有用性を高めることを目的として、それぞれ独自に開発された二つのデータベース（「組換え微生物等の産業使用促進情報システム」（略称：ＪＢＡＭ）、及び「バイオセイフティデータベース」）を統合したものである。(出典：オリジナルサイトより)
主な対象データ 文献 、バイオセイフティ情報

DNA ProbeLocator

要約 アフィメトリクス、アジレント、ならびにDNAチップ研究所から提供された多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングした結果を格納しています。（オリジナルサイトから翻訳）
主な対象データ 遺伝子発現 プローブ

Evola

要約 Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと14のモデル生物とのオーソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報を提供しています。オーソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、オランウータン、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグです。
主な対象データ 比較ゲノム

EzCatDB

要約 EzCatDBデータベースでは、酵素立体構造情報、文献情報などに基づいて、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各酵素エントリーには、酵素番号(EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクが張られています。
主な対象データ タンパク質-立体構造 酵素

GGDB

要約 糖鎖遺伝子は、糖転移酵素、糖ヌクレオチド合成酵素、糖ヌクレオチドトランスポーター、硫酸基転移酵素などのように、グリカン合成に関連している遺伝子を含んでいます。現在、180以上のヒト糖鎖遺伝子が同定されて、クローン作成され、特徴付けされています。 「糖鎖遺伝子ライブラリ作成プロジェクト」(2001年4月-2004年3月)において、基質特異性情報が格納された最初のデータベースである、糖鎖遺伝子データベース(GGDB)と同様に、私たちは糖鎖遺伝子に関するデータを収集し、編集しました。GGDBは、糖鎖遺伝子解析のために必要な情報を提供します。
主な対象データ DNA-配列 基質、発現

GMDB

要約 結合位置や立体化学の違いによる構造的な複雑さのため、糖鎖の構造解析は容易ではありません。質量分析計はプロテオミクスやメタボロミクスでは不可欠の装置として普及していますが、糖鎖構造解析にも極めて有用であることが認識されつつあります。近年、糖鎖のタンデム質量分析により、位置異性や立体異性を含む詳細な糖鎖構造を解析できることが判ってきました。私たちは、構造が明らかにされた多種の糖鎖を集め糖鎖ライブラリーを構築しています。そして、その糖鎖ライブラリーの各糖鎖について多段階タンデム質量分析スペクトルを取得しています。GMDBはこれらをデータベース化したものであり、スペクトルマッチングによる糖鎖構造の推定に役立てることができます。(オリジナルサイトから)
主な対象データ 糖鎖

GlycoProtDB

要約 GlycoProtDBは、線虫 (Strain N2)およびマウス(C52BL/6J系のオス)の組織を材料として、実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の情報を皆様に提供するためのデータベースである。これらのデータは、東京都立大学(現首都大学東京)大学院理工学研究科の生物化学研究室、並びに独立行政法人産業技術総合研究所の糖鎖工学研究センター（現糖鎖医工学研究センター）との共同研究により得られた成果である。
主な対象データ タンパク質-モチーフ

H-ANGEL

要約 H-ANGELは、ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示します。遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。H-ANGELはまた、遺伝子の発現情報をヒトゲノム上の対応する物理的位置上に表示します。これらの情報は、H-InvDBに蓄積された対応する転写産物あるいは遺伝子座のアノテーションデータにリンクされており、こうした統合を通じて、プラットフォーム横断的に遺伝子発現データを比較して眺めることができます。
主な対象データ 遺伝子発現

H-Exp

要約 iAFLP によるヒト組織特異的転写物発現頻度データのDBで、H-InvDB と連携しています。本DBには3つの特徴があり、①表示対象遺伝子クラスター・アイソフォームの検索・参照・ソート、②遺伝子クラスター・アイソフォームに結び付けられた発現頻度パターンデータの比較、③遺伝子単位の発現情報の詳細情報をはじめとする各種関連情報の表示を高速に実行することが可能となっております。
主な対象データ 遺伝子発現

H-InvDB

要約 H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。 ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。
主な対象データ RNA ヒト完全長cDNA, mRNA

INOH Pathway Database

[ 公式 サイト (リンク調整中) ]
[ 詳細を見る ]
要約 ヒト、マウス、ラット等のモデル動物のパスウェイデータベースです。シグナル伝達パスウェイや代謝を構成する複層的生体分子の関係などの情報を含みます。（備考：BioPAX） INOH 2.5が2010年4月9日にリリースされました。
主な対象データ タンパク質-プロテオーム

KATANA

要約 シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。多くのデータベース間での変化は、同じ遺伝子を別の注釈を付けることができます。命名規則を鑑み、我々はWebベースのツールKATANA（かずさシロイヌナズナアノテーション抄録; http://www.kazusa.or.jp/katana/）を開発し、ユーザーがシロイヌナズナのゲノム情報に関連する公共のデータベースに1つのサイトからの検索できるように誘導します。（出典：論文より）このツールには、遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー（GO）ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法（MPSS）の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。このツール内のエントリにはそれらのデータベースへのハイパーリンクがあり、元のサイトにアクセスすることで詳細化できます。代謝経路とGOタームの高度な検索も行うことができます。（出典：オリジナルペーパーより）
主な対象データ 遺伝子発現 、代謝経路、GO

KNApSAcK

要約 植物において約10万種以上が同定されているといわれている二次代謝産物の構造は多様性に富んでおり、科や属といった特定の生物分類において存在が確認されていることからも、代謝産物の多様性は生物の進化が反映されたものと考えられています。このことから、代謝産物とそれが同定された生物に関するデータは、生物、化学進化や代謝経路の推定、有用物質を合成する生物の探索等の研究に有用な情報を与えると考えられます。そこで、生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に、二次代謝産物データベースシステム KNApSAcKを開発し、無償で公開しています。 KNApSAcKは分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等がおこなえます。（出典：オリジナルサイトより）
主な対象データ 代謝産物 マススペクトル

KNApSAck Family

要約 生物種-代謝物データベースのKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されている。また、タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースMetalMineやジャムデータベースや漢方薬のデータベースとも連携している。更に、世界119カ国から7356の植物種データが格納されている。これらのデータは出版されている科学論文から集めているものです。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。
主な対象データ 代謝産物

KOMICS

要約 KOMICS（Kazusa OMICS）は、代謝物を含むシステムバイオロジーやマルチオミックス解析に強く興味を持つ研究者により開発、運用されいます。 KOMICSではLC-FT-ICR-MS法（液体クロマトグラム-フーリエ変換-イオンサイクロトン質量分析）で検出された代謝物のピークのアノテーション（精密質量に基づく組成式や化合物名候補など）を主に格納しています。現在はトマトで検出された代謝物を利用できます。（出典：オリジナルサイトより）
主な対象データ 代謝産物 、マススペクトル

LEGENDA

要約 Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。
主な対象データ 文献 、遺伝子、疾患、基質

LfDB

要約 レクチンフロンティアデータベース(LfDB)は、蛍光検出を用いた自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステム(FAC-FD、Fig. 1)を用いて取得した各種レクチンとピリジルアミノ化糖鎖間の結合定数を含む定量的相互作用データを格納しています。本方法で取得した相互作用データの精度、信頼性は非常に高いことから、LfDBは今後、広く生物学研究において貴重な情報源になると考えられます。（オリジナルサイトから）
主な対象データ 糖鎖 　レクチン

MEDALS

要約 このサイトです。経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果であるデータベースやツ－ルに関する情報提供サイトです。
主な対象データ メタデータ

MS-MS Fragment Viewer

要約 MS-MS Fragment ViewerはLC-FT/ICR-MS解析で得たフラグメントイオンの構造を予測したFT-MS、IT-MS/MS、FT-MS/MSのスペクトルデータを格納したメタボロミクスデータベースです（出典：オリジナルサイトより）。
主な対象データ 化合物 、マススペクトル

MassBank

要約 MassBank は 慶應義塾大学先端生命科学研究所（IAB） 分析化学グループ、理化学研究所植物科学研究センター（PSC）メタボローム基盤グループが中心となり、 JST-BIRD プロジェクトとして開発する高分解能マススペクトルデータベースです。 MassBankでは類似スペクトル検索、化合物検索、ピーク検索のサービスを提供しています。また、2008年に 日本質量分析学会 の公式マススペクトルデータベースとして認められました（オリジナルサイトより引用）。NEDOプロジェクトの成果（データ）が一部含まれています。
主な対象データ マススペクトル

MassBase

要約 メタボロミクスの概念は、この数年間で、システムバイオロジーの新たなオミックス層として出現している。しかし、バイオインフォマティクス研究のために公に利用できる大量のデータはまだ観測されていません。MassBaseは大量のmass spectrum tags（MST）のアーカイブであり、そこには主に植物から得た生物学的なサンプルとピークアノテーションのための標準化学試薬で現れた既知・未知両方のピークが含まれている。データベースの目的はメタボロミクスの巨大なデータセットを使用するバイオインフォマティクス研究を強化することです。GC-TOF-MSを用いた5100MSTおよびUPLC-TOF-MSを用いた170MST由来の1700000を超えるピークは、バイナリ形式の生データファイルと共にテキスト形式ファイルとしてアーカイブされている。バイナリ形式の生データスキャンに含まれるテキスト形式のmassシグナルリスト（Scanned mass spectra（SMS））もアーカイブしている。計算機によるピーク判断の検証や品質改善の研究に寄与するでしょう。全てのデータはこのサイトから無料でダウンロードできます。データセットを拡張するためにCE-MSといった別タイプのmassを近い将来計画している。MassBaseはNEDOプロジェクトのサポートにより、かずさDNA研究所で開発しました。（オリジナルサイトから）
主な対象データ 代謝産物

NBRCオンラインカタログ検索

要約 NITEのNBRCが保有する微生物株(約15400株)の検索ができます。検索方法は４つあり、NBRC番号、キーワード、学名や他機関番号、ホモロジー検索です。検索結果では微生物株ごとの学名、来歴、他機関番号、培養条件、応用・論文情報を知ることができます。また、原核生物(16SrDNA)と真核生物（28rDNA）のシーケンス情報を登録しているため、シーケンス情報からリソースの検索と同一性を確認できる。（NBRCポスターより）
主な対象データ DNA-配列

OpenPML

要約 今日の生物科学分野では、遺伝子多様性と表現多型の相関性に関する研究はキーになるテーマです。多くの協力者および研究者の間で共有される必要がある膨大な量のデータを生成する大規模な数の研究を牽引しています。この様なデータを格納し効率的に利用する為に、それは生物医学研究者が互換性を担保し同様の方法でデータを記述する事は最も重要です。JBiCはPaGE-OM(Phenotype and Genotype-Object Model)を開発し、既存のさまざまな表現型や遺伝子をデータベースに適用することによってPaGE-OMを検証し、どのようにして更にデータベースをPaGE-OMで表現できるかをデモしています(出典：オリジナルサイトより)。
主な対象データ DNA-多型

PPI view

要約 PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction)情報を表示しています。主要な５つのPPIデータベース(BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct)から、データの収集・統合を行い、H-InvDBの独自予測されたタンパク質についてPPIの割り当てを行いました。その結果、9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。 (H-InvDB version 5.0時点)PPI viewはユーザーの興味あるタンパク質(遺伝子産物)と相互作用するタンパク質を表示し、そのタンパク質の遺伝子の位置(Locus view)や遺伝子の機能情報(cDNA view)へのリンク、そしてデータ元PPIデータベースへの参照情報や、文献、実験手法を表示します。PPI view: http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ PPI view サンプル画面:http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ppi_view.cgi?hip=HIP000084307
主な対象データ タンパク質-プロテオーム

RnR

要約 RnRはT87培養細胞における遺伝子転写や蓄積する代謝産物の予測データベースです。 このデータベースは214のDNAマイクロアレイと222のGC-MS、202のUPLC-MSアッセイをベースにしています。（オリジナルサイトから）
主な対象データ 代謝産物

TraP

要約 ７種の古細菌の解糖系などの代謝経路を比較したデータベースです。
主な対象データ 代謝産物

ラットの脳断面図

要約 ラットの脳断面の画像データを７枚見ることができるデータベース。画像は超精細画像であり、拡大表示するとニューロンが見える。産業技術総合研究所、(株)映像美術院、(株)PFUの協力により作成された。（オリジナルサイトから）
主な対象データ 形態 画像

化学物質統合検索システム

要約 CHRIP（クリップ）は、経済産業省産業技術環境局の知的基盤整備事業のうち、「化学物質安全管理」の一環として構築しているデータベースです。 化学物質の番号や名称等から、有害性情報、法規制情報及び国際機関によるリスク評価情報等を検索することができるシステムです。また、各法規制対象物質や各機関の評価物質等を一覧表示することができます。 2009/10/01付けでPRTR制度対象物質データベース、既存化学物質安全性データと統合されました。
主な対象データ 化合物 化学物質

大腸菌マルチオミクス データベース

要約 高度に複雑化した自然界の生命科学を理解するには、包括的な知識として細胞内側の分子コンポーネントに関する定量的情報が必要です。日本の鶴岡市にある慶應義塾大学先端生命科学研究所においては、モデル生物の大腸菌のオミックスデータを集約するための共創的で壮大なチャレンジに尽力しています。（出典：オリジナルサイトより）
主な対象データ 遺伝子発現 、タンパク質、代謝物質

微生物データベースシステム

要約 微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。
主な対象データ 文献 旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど

微細藻類遺伝子工学データベース

要約 微細藻類の遺伝子組み換えに役に立つ情報が集められているデータベース。 それらの情報とは以下の6種類に分類されます。 1. ホストーベクター系　(ベクターの構造, プロモーター,　研究機関、文献) 2. 遺伝子導入法　(生物種, 方法, 文献) 3. 有用物質の生産　(プロダクト, ホスト, 導入遺伝子, 文献) 4. インヒビター耐性変異株　(生物種, インヒビター, 変異遺伝子, 文献) 5. 合成トランスポゾン系 6. 選択マーカー (オリジナルサイトより)
主な対象データ DNA-制御領域

正常臓器 遺伝子発現データベース

要約 RefExAはヒト正常組織、正常細胞、癌細胞株の網羅的な遺伝子発現データベースです。
主な対象データ 病気-ガン 遺伝子発現

糸状菌ゲノム・転写制御データベース

要約 糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油な ど、 発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、 コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。 EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為に シングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。
主な対象データ DNA-配列

脳画像データベース

要約 ニホンザルの脳のMRI（磁気共鳴映像法）連続画像と、高次機能を調べるうえで重要な脳皮質全体を含む組織標本の連続切片画像のデータベース。実験上また文献を読むときなどの資料として有効かつ簡便に活用しやすいように、画像がデジタル化され、マウスの操作のみで簡便に参照できるデータベースである。(オリジナルサイトより)
主な対象データ 形態 、MRI画像
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