データベース便覧
その他 ( 10/41件 )
ARMLiPDB
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要約 | ARMLiPDBは、マウス肝蛋白質の年齢軸発現データベースです。 年齢軸に沿った網羅的肝蛋白質発現解析を、核と細胞質、それぞれの分画蛋白質の網羅的解析を二次元電気泳動と質量計等を駆使するプロテオミックス最先端解析方法で行い、結果を網羅的年齢軸変動データベースとして公開しています。 [出典] ・重点研究支援業務成果報告書（平成１4年度～平成１9年度） http://www.jst.go.jp/koryu/csspr/h14/h14-06.pdf ・JITA ニュースレター(January, 2008. No.16) http://www.jita.or.jp/news/dl/index16.pdf |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 |
ATTED II
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要約 | ATTED IIは遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供するデータベースです。共発現遺伝子データソースはAtGenExpressで集められた公に使えるマイクロアレイデータ（58実験、1388スライド）です。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank（MR）です。3月にCoeXSearch機能が付け加わりました。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 、マイクロアレイ、パスウェイ |
Arch GeNet
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要約 | 好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)の好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した。 また、3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで解析した。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 |
CELLPEDIA
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要約 | CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。 各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています（出典：オリジナルサイトより）。 |
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| 主な対象データ | 細胞 |
CGH Data Base
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要約 | CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。 |
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| 主な対象データ | 病気-ガン |
CellMontage
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要約 | CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 、細胞、組織 |
CoP
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要約 | CoPは植物の共発現する遺伝子と生物学的プロセスを統合したデータベースです。生物学的プロセスの情報は遺伝子オントロジーの側面を基礎にしています。このデータベースの配列情報はTAIRデータベースから取得されています。共発現解析は、共発現ネットワーク解析のアプローチであるConfeitoアルゴリズムを利用して実行しています。2009年3月12日にCoexProcessデータベースからリニューアルバージョンになりました。リニューアルバージョンには、シロイヌナズナ（5257、3654、1388アッセイ）と、ポプラ（95アッセイ）のDNAマイクロアレイデータセットが格納されています。このデータベースは毎月充実されていく予定です。（出典：オリジナルサイトから） |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 |
DAGViz
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要約 | DAGVizはイロイヌナズナ遺伝子をはじめとする46の生物種のオントロジーを検索・閲覧できるデータベースです。GO termや遺伝子産物の名前からGOの検索ができます。 検索画面では、PubMedや遺伝子産物のハイパーリンクで詳細情報を得ることができます。GO termをDAG（各GO termからBiological Processなどのトップ・タームまでのGO termのパス）を表示することが可能です。各GO termを色別に表したカラーチャートで表示することができます。複数のカラーチャートを並べることで、対照実験などで観察されるGO termを容易に比較することができます。（オリジナルサイトから） |
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| 主な対象データ | アノテーション GO |
DIAM
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要約 | 遺伝子組換え技術を利用する事業者の利便性向上と安全・安心に対する社会的要請に応える方策の一助として、本システム（微生物産業利用支援データベース、DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes）（略称：ＤＩＡＭ）を構築した。 本システムは、産業界におけるバイオセイフティ情報源としての有用性を高めることを目的として、それぞれ独自に開発された二つのデータベース（「組換え微生物等の産業使用促進情報システム」（略称：ＪＢＡＭ）、及び「バイオセイフティデータベース」）を統合したものである。(出典：オリジナルサイトより) |
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| 主な対象データ | 文献 、バイオセイフティ情報 |
Evola
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要約 | Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと13のモデル生物とのオルソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報(dN/dS view)、重複遺伝子ファミリービューアー(Gene family view)などを提供しています。オルソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグ、のヒト＋13生物種です。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |