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ゲノム・遺伝子 ( 10/22件 )

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ARCHAIC

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供するデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的方法によって解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行う目的で構築されました。下記３種の情報を格納しています(Pyrococcus sp. OT3, Thermoplasma volcanium GSS1, Archaeoglobus fulgidus)。
	主な対象データ	DNA-配列、ゲノム

ASTRA

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネに関する選択的スプライシング・選択的転写開始を自動検出し、パターンに従って分類したデータベースです。(オリジナルサイトから)
	主な対象データ	DNA-配列

CGH Data Base

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。
	主な対象データ	病気-ガン

Evola

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと13のモデル生物とのオルソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報(dN/dS view)、重複遺伝子ファミリービューアー(Gene family view)などを提供しています。オルソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグ、のヒト＋13生物種です。
	主な対象データ	比較ゲノム

FLJ Human cDNA Database

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	FLJヒト完全長cDNAデータベースはTSSの多様化やスプラシシングにより引き起こされるmRNAの多様性に焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースとして構築されました。ヒト遺伝子数は20,000-25,000と推定されていました。しかし、ヒトmRNAの多型は100,000程度と予測されています。この多様性はTSSとスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。先行のヒトcDNAプロジェクトでは、約30,000のヒト完全長cDNA配列がDDBJ/GenBank/EMBLに登録され、更にオリゴキャップ法で構築されたヒト組織や細胞の約100種にもわたるcDNAライブラリー由来のFLJ完全長cDNAの1400000件　5’末端ESTを取得した。（出典：オリジナルサイトより）
	主な対象データ	DNA-配列完全長cDNA

G-compass

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト＋12生物種です（チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ）。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。
	主な対象データ	比較ゲノム

GGDB

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	糖鎖遺伝子は、糖転移酵素、糖ヌクレオチド合成酵素、糖ヌクレオチドトランスポーター、硫酸基転移酵素などのように、グリカン合成に関連している遺伝子を含んでいます。現在、180以上のヒト糖鎖遺伝子が同定されて、クローン作成され、特徴付けされています。「糖鎖遺伝子ライブラリ作成プロジェクト」(2001年4月-2004年3月)において、基質特異性情報が格納された最初のデータベースである、糖鎖遺伝子データベース(GGDB)と同様に、私たちは糖鎖遺伝子に関するデータを収集し、編集しました。GGDBは、糖鎖遺伝子解析のために必要な情報を提供します。
	主な対象データ	DNA-配列基質、発現

GenoBase

[ 公式サイト ] \| [ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。
	主な対象データ	アノテーション

H-InvDB

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。
	主な対象データ	RNA ヒト完全長cDNA, mRNA

HGPD

[ 公式サイト ] [ 詳細を見る ]	要約	HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データを格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。（論文からhttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkn872?ijkey=zKpNqhZH6jrUuzi&keytype=ref）
	主な対象データ	DNA-配列

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