データベース便覧
ゲノム・遺伝子 ( 10/28件 )
ARCHAIC
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要約 | 古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供するデータベースです。 古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的方法によって解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行う目的で構築されました。下記３種の情報を格納しています(Pyrococcus sp. OT3, Thermoplasma volcanium GSS1, Archaeoglobus fulgidus)。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 、ゲノム |
ASTRA
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要約 | ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネに関する選択的スプライシング・選択的転写開始を自動検出し、パターンに従って分類したデータベースです。(オリジナルサイトから) |
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| 主な対象データ | DNA-配列 |
CGH Data Base
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要約 | CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。 |
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| 主な対象データ | 病気-ガン |
DOGAN
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要約 | DOGANは微生物の塩基配列データやORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、モチーフ情報、推定した遺伝子の根拠となる論文などの情報、プロテオーム解析結果を手に入れることができます。これらの情報は、アノテーターに確認されたものを公開しており、時間の経過に即して再アノテーションも行っている。また、Blastを用いた相同性検索サービスや、DNAクローンの発注サービスも行っています。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 、プロテオーム |
Database of Genomic Variants
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要約 | Database of Genomic Variantsの目的は、ヒトゲノムの構造バリデーションに関する包括的なサマリーを提供することである。構造バリデーションは、1kb以上のDNA断片を含むゲノム異常と定義ている。また、100bp-1kbレンジでInDelsにアノテーションを行っている。データベースの情報は、対照サンプルで特定された代表的な構造バリデーションのみである。対照データを、表現型データとゲノムバリデーションの関係性の研究に便利なカタログで表示する。データベースはピアレビューされた研究データ由来の新たなデータで継続的に更新を行っている(オリジナルサイトより翻訳)。NEDOプロジェクトの成果が含まれている。 |
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| 主な対象データ | DNA-多型 |
Evola
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要約 | Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと14のモデル生物とのオーソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報を提供しています。オーソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、オランウータン、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグです。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |
FLJ Human cDNA Database
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要約 | FLJヒト完全長cDNAデータベースはTSSの多様化やスプラシシングにより引き起こされるmRNAの多様性に焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースとして構築されました。ヒト遺伝子数は20,000-25,000と推定されていました。しかし、ヒトmRNAの多型は100,000程度と予測されています。この多様性はTSSとスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。先行のヒトcDNAプロジェクトでは、約30,000のヒト完全長cDNA配列がDDBJ/GenBank/EMBLに登録され、更にオリゴキャップ法で構築されたヒト組織や細胞の約100種にもわたるcDNAライブラリー由来のFLJ完全長cDNAの1400000件 5’末端ESTを取得した。（出典：オリジナルサイトより） |
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| 主な対象データ | DNA-配列 完全長cDNA |
FuLoJa
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要約 | ミヤコグサの完全長cDNAの配列情報を、InterProで解析したデータを集積したデータベース |
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| 主な対象データ | DNA-モチーフ |
G-compass
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要約 | G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト＋12生物種です（チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ）。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |
GGDB
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要約 | 糖鎖遺伝子は、糖転移酵素、糖ヌクレオチド合成酵素、糖ヌクレオチドトランスポーター、硫酸基転移酵素などのように、グリカン合成に関連している遺伝子を含んでいます。現在、180以上のヒト糖鎖遺伝子が同定されて、クローン作成され、特徴付けされています。 「糖鎖遺伝子ライブラリ作成プロジェクト」(2001年4月-2004年3月)において、基質特異性情報が格納された最初のデータベースである、糖鎖遺伝子データベース(GGDB)と同様に、私たちは糖鎖遺伝子に関するデータを収集し、編集しました。GGDBは、糖鎖遺伝子解析のために必要な情報を提供します。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 基質、発現 |