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| 成果物名 | miRRim |
|---|---|
| 成果物の別名 | なし |
| 成果物に関する説明 | miRRimは隠れマルコフモデル（HMM）をベースとしたmiRNA遺伝子の予測ツールです。このツールでは、miRNAの進化的、二次構造の特徴が多次元ベクトルシーケンスで表現されています。HMMsは配列の連続値を計算し、ベクトルシーケンスに利用されるモデルです。（オリジナルサイトから翻訳） |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所（AISt） 生命情報工学研究センター(CBRC) |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.ncrna.org/software/miRRim |
| インターフェイス | CUI（Charactor User Interface, またはコマンドライン） |
| 入力例 | perl ./miRRim.pl example/chr9_94011601_94111600_+.dat |
| キーワード |
HMMs | miRNA
|
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 4.2 | http://mirrim.ncrna.org/からプログラムをダウンロード |
| 使っている外部リソース | なし |
| 主な対象データ | RNA (miRNA) |
| 生物種 |
全生物種
|
| 利用条件 | 調査中 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 2 |
| 最終更新日（調査日） | 2010/04/23 (2010/05/10) |
| 利用できるID | - |
| IDを使った成果物の利用方法 | なし |
| 外部リンク | - |
| 論文等（PubMed ID） | 17959929 |
| プロジェクト名 | 機能性RNAプロジェクト |
|---|---|
| 分野 | ゲノムインフォマティックス |
| 目的 | バイオインフォマティクスの活用による機能性RNAを推定する技術の開発、機能性RNA解析のための支援技術・ツールの開発、および機能性RNAの機能を解析することにより、本研究分野における我が国の優位性の確立を目指します。(NEDO：機能性RNAプロジェクト：事業・プロジェクト概要(http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p06011/p06011.html)より引用) |
| 紹介 | 近年の研究により、我々哺乳類を含む高等生物の細胞中には、従来のタンパク質をコードするRNAとは異なり、タンパク質をコードしていないにもかかわらず転写されるnon-coding RNA（ncRNA：非コードRNA）が多数存在することが明らかになりました。これらは、機能性RNAとして、発生や細胞分化の過程において重要な役割を果たしており、がんや糖尿病などの疾患の発生にも深く関わっているものと考えられています。本プロジェクトでは、バイオインフォマティクスの活用による機能性RNAを推定する技術の開発、機能性RNA解析のための支援技術・ツールの開発、および機能性RNAの機能を解析することにより、本研究分野における我が国の優位性の確立を目指します。また、本プロジェクトにおける成果を素早く特許化することにより、将来的な医療・診断分野における新産業の創出に貢献します。(NEDO：機能性RNAプロジェクト：事業・プロジェクト概要(http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p06011/p06011.html)より引用) |
| キーワード | 機能性RNA｜non-coding RNA｜バイオインフォマティクス｜機能解析｜ツール開発 |
| 特許（日本、海外） | 調査中 |
| アーカイブ | |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | CentroidAlifold | CentroidAlign | CentroidFold | CentroidHomfold | MXSCARNA | Murlet | PHMMTS | PSTAG | RNAmine | Rfold | Stem Kernels | 機能性RNA配列データベース | 機能性RNAゲノムブラウザー |
