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関連プロジェクト

成果物名 HGPD
成果物の別名 Human Gene and Protein Database
成果物に関する説明

HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データ、細胞内局在を格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。（論文からhttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkn872?ijkey=zKpNqhZH6jrUuzi&keytype=ref）
成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所（AIST）　バイオメディシナル情報研究センター(BIRC)
機関所在国 日本
サイトURL http://hgpd.lifesciencedb.jp/cgi/
インターフェイス GUI
入力例

1.サイトURL画面の上部検索テキストボックスに"AK092682"を入力して、[submit]ボタンを押してください。
キーワード
FLJ cDNAs | Gateway Entry Clones | Protein Analysis Data | Subcellular Localizaiton
ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 48 | http://hgpd.lifesciencedb.jp/sys_info/download.html　からファイルダウンロード
使っている外部リソース 調査中
主な対象データ DNA-配列
生物種 脊椎動物-哺乳類-ヒト
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 7
最終更新日（調査日） 2010/07/12 (2011/09/15)
利用できるID GenBank Accession No. | Sequence ID
IDを使った成果物の利用方法 http://hgpd.lifesciencedb.jp/SVDB_v05/cgi/sv_cdna_info.cgi?cdna=C-SKMUS2000679
外部リンク

NCBI | DDBJ | FLJ Human cDNA Database | FLJ-DB | H-Inv DB | NEDO | HUGE | MGC | The German Human cDNA Project | UniGene | CGAP | SAGE | TIGR Gene Indices | STACK | BODYMAP | NITE | AIST | Japan Biological Informatics Consortium | Research Association for Biotechnology | Reverse Proteomics Research Institute
論文等（PubMed ID）

19054851 | 19073703

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プロジェクト名 完全長ｃＤＮＡ構造解析
分野 ゲノムインフォマティックス
目的 本プロジェクトでは提供されたcDNAライブラリーのcDNA末端の部分配列決定から始め、その中から新規クローンを選別しその全塩基配列の決定を進めた。(報告書から)
紹介 遺伝子をコードしている完全長cDNAの取得技術が世界的にも優位にあった日本では、これを活用しヒト完全長cDNAを解読するプロジェクトが、1999年「戦略的ヒトcDNAゲノム応用技術開発]として実施され、成功裏に終了した。2000年度ミレニアムプロジェクトにおいて、上記プロジェクトの後継である本「完全長cDNA構造解析」プロジェクトがその中核として位置付けられ発足しました。本プロジェクトでは、まず提供されたcDNAライブラリーのcDNA末端の部分配列決定から始め、その中から新規クローンを選別しその全塩基配列の決定を進めた。平成13年度予算事業の部分配列決定数は469,000クローン、平成11年度補正予算、平成12年度予算を含めると1,504,000クローンであった。各社の部分塩基配列解析結果を表1に示す。全塩基配列決定では短いクローン（417個）も遺伝子の可能性があるので、全塩基配列決定数にはこれを加え8,873個とした。「完全長cDNA構造解析」プロジェクトとして21,017個の全長配列解析を終了した。(報告書から)
キーワード 調査中
特許（日本、海外） 調査中
成果物 (データベース、解析ツール)