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| 成果物名 | SPALN |
|---|---|
| 成果物の別名 | space-efficient spliced alignment |
| 成果物に関する説明 | SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。 |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | 京都大学大学院情報学研究科 |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/spaln/index.html |
| インターフェイス | GUI｜スタンドアローン型ソフトウェア |
| 入力例 | "Sequence 1"にcDNAやタンパク質、"Sequence 2"にゲノムの配列を入力する。そして"Output Format"で出力を選択し"summit"ボタンを押す。 |
| キーワード |
マッピング｜アライメント｜転写産物｜ゲノム配列
|
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | - | なし |
| 使っている外部リソース | なし |
| 主な対象データ | 比較ゲノム |
| 生物種 |
全生物種
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| 利用条件 | GPL V2 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 5 |
| 最終更新日（調査日） | 2011/11/17 (2011/11/18) |
| 利用できるID | - |
| IDを使った成果物の利用方法 | 適用なし |
| 外部リンク | - |
| 論文等（PubMed ID） | [1] Gotoh, O. (2008) “A space-efficient and accurate method for mapping and aligning cDNA sequences onto genomic sequence.” Nucleic Acid Res., 36 (8), 2630-2638.
[2] Gotoh, O. (2008) “Direct mapping and alignment of protein sequences onto genomic sequence.” Bioinformatics, 24 (21) 2438–2444. |