詳細情報
| 成果物名 | ALN |
|---|---|
| 成果物の別名 | なし |
| 成果物に関する説明 | Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、１本の塩基配列、１本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測（タンパク質をコードするエキソンの予測）を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳) |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | 京都大学大学院 情報学研究科 |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/aln/ |
| インターフェイス | CUI (Character User Interface), Web |
| 入力例 | Online ServerでSequence Typeを選択。配列１と２をアップロードかコピーし、配列タイプ（G,D,P）を入力します。オプションで、Complement（相補鎖）の解析、対象とする塩基位置を入力します。Step2で必要ならパラメータを変更します。最後にSubmitボタンを押します。 |
| キーワード | アライメント | アラインメント | 遺伝子予測 |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 1.2 | トップページからダウンロードします |
| 使っている外部リソース | 調査中 |
| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |
| 生物種 | 全生物種 |
| 利用条件 | 調査中 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 1 |
| 最終更新日（調査日） | 2007/00/00 (2009/01/20) |
| 利用できるID | なし |
| IDを使った成果物の利用方法 | なし |
| 外部リンク | 調査中 |
| 論文等（PubMed ID） | [1] Gotoh, O. (1982) "An improved algorithm for matching biological sequences." J. Mol. Biol. 162, 705-708. [2] Gotoh, O. (1990) "Optimal sequence alignment allowing for long gaps." Bull. Math. Biol. 52, 359-373. [3] Gotoh, O. (1993) "Optimal alignment between groups of sequences and its application to multiple sequence alignment." CABIOS 9, 361-370. [4] Gotoh, O. (1994) "Further improvement in group-to-group sequence alignment with generalized profile operations." CABIOS 10, 379-387. [5] Gotoh, O. (1998) "Divergent structures of Caenorhabditis elegans cytochrome P450 genes suggest the frequent loss and gain of introns during the evolution of nematodes." Mol. Biol. Evol. 15, 1447-1459. [6] Gotoh, O. (2000) "Homology-based gene structure prediction: simplified matching algorithm by the use of translated codon (tron) and improved accuracy by allowing for long gaps." Bioinformatics, 16, 190-202. |