詳細情報
| 成果物名 | PRRN |
|---|---|
| 成果物の別名 | なし |
| 成果物に関する説明 | PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和（WSPスコア）を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント（例えばプログレッシブ（累進法）アラインメント）の改良に特に有効です。 |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | 京都大学大学院 情報学研究科 |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/prrn/index.html |
| インターフェイス | CUI (Character User Interface), Web |
| 入力例 | 調査中 |
| キーワード | マルチプル|アライメント|アラインメント |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 1.3 | トップページからダウンロードします。 |
| 使っている外部リソース | なし |
| 主な対象データ | DNA配列、アミノ酸配列 |
| 生物種 | 全生物種 |
| 利用条件 | 調査中 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 1 |
| 最終更新日（調査日） | 2007/00/00 (2009/01/20) |
| 利用できるID | 調査中 |
| IDを使った成果物の利用方法 | 調査中 |
| 外部リンク | 調査中 |
| 論文等（PubMed ID） | [1] Berger, M.P., and Munson, P.J. (1991) "A novel randomized iterative strategy for aligning multiple protein sequences." CABIOS 7, 479-484. [2] Gotoh, O. (1993) "Optimal alignment between groups of sequences and its application to multiple sequence alignment." CABIOS 9, 361-370. [3] Gotoh, O. (1993) "Extraction of conserved or variable regions from a multiple sequence alignment." Proceedings of Genome Informatics Workshop IV, pp. 109-113. [4] Gotoh, O. (1994) "Further improvement in group-to-group sequence alignment with generalized profile operations." CABIOS 10, 379-387. [5] Gotoh, O. (1995) "A weighting system and algorithm for aligning many phylogenetically related sequences." CABIOS, 11, 543-551. [6] Gotoh, O. (1996) "Significant improvement in accuracy of multiple protein sequence alignments by iterative refinement as assessed by reference to structural alignments." J. Mol. Biol. 264, 823-838. [7] Gotoh, O. (1999) "Multiple sequence alignment: algorithms and applications." Adv. Biophys. 36, 159-206. [8] Yamada, S., Gotoh, O., Yamana, H. (2006) “Improvement in accuracy of multiple sequence alignment using novel group-to-group sequence alignment algorithm with piecewise linear gap cost.” BMC Bioinformatics, 7, 524. [9] Yamada, S., Gotoh, O., Yamana, H. (2008) “Improvement in speed and accuracy of multiple sequence alignment program PRIME.” IPSJ Trans. Bioinformat., 1, 2-12. |