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| 成果物名 | TMBETA-GENOME |
|---|---|
| 成果物の別名 | Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins in Genomic Sequences. |
| 成果物に関する説明 | TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。その他、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行う"TMBETA-DISC"や"TMBETA-SVM"などのツールも提供されています。 |
| 成果物のタイプ | DB |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所（AIST） 生命情報工学研究センター（CBRC） |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://tmbeta-genome.cbrc.jp/annotation/index.jsp?home |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | Service タブを押して、左側のボックスで"organism name"を選択後、アノテーションの種類を選択して検索を実行。アミノ酸配列やその他の情報を入手可能。 |
| キーワード |
Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins | Machine learning
|
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 385 | ダウンロード可能（開発者へお問い合わせください） |
| 使っている外部リソース | NCBI | SWISS-PROT | SOSUI | PDB |
| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
| 生物種 |
全生物種
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| 利用条件 | 利用自由 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 0 |
| 最終更新日（調査日） | 2007/00/00 (2009/01/22) |
| 利用できるID | Genbank ID (gi) |
| IDを使った成果物の利用方法 | なし |
| 外部リンク | NCBI |
| 論文等（PubMed ID） | 17088282 | 15531602 | 15833441 | 15980447 | 16204348 |