詳細情報 XML output
| 成果物名 | H-DBAS |
|---|---|
| 成果物の別名 | ヒトの選択的スプライシングデータベース |
| 成果物に関する説明 | H-DBASはヒトの選択的スプライシングのデータベースです。H-InvDBのデータを基に、ゲノムワイドで検出されたヒト選択的スプライシングの様々なアノテーション情報を提供しています。選択的スプライシングバリアントは全長性が保証され、冗長性のないユニークなもの（代表選択的スプライシングバリアント；RASV）が選ばれています。Flashでインタラクティブに操作できるビューアーを実装し、選択的スプライシングのパターンとタンパク機能の関係、ヒトとマウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌの各モデル生物との比較ゲノム解析による選択的スプライシングバリアントの種間保存などを視覚的に表示します。 |
| 成果物のタイプ | DB |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.h-invitational.jp/h-dbas/ |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | ”右上の簡易検索例（クリックで直接飛びます）”の右にあるリンクをクリックしてください。 |
| キーワード |
選択的スプライシング | 比較ゲノム | RNA-Seq
|
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 3000 | http://www.h-invitational.jp/h-dbas/download.jsp |
| 使っている外部リソース | H-InvDB|DDBJ|Refseq|Ensembl|UCSC|FANTOM3|MGC|dbSNP |
| 主な対象データ | ヒト・マウス完全長cDNA、ヒト・マウスmRNA、ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌRNA |
| 生物種 |
脊椎動物-哺乳類-ヒト
、マウス 、ラット、チンパンジー、アカゲザル、 イヌ
|
| 利用条件 | 表示-継承 アカウント不要 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 4回以上/１年 |
| 最終更新日（調査日） | 2011/12/26 (2011/12/27) |
| 利用できるID | HIT(transcript) | HIX(gene cluster) | Accession Number | HUGO Gene Symbol | NCBI Gene ID | OMIM ID | EC number |
| IDを使った成果物の利用方法 | http://www.h-invitational.jp/h-dbas/locusOverview.do?dbname=human_flcdna(or human_mrna)&hix=[HIXID] |
| 外部リンク | 調査中 |
| 論文等（PubMed ID） | 19969536 | 17130147 | 武田淳一、今西規、五條堀孝、鈴木穣、菅野純夫：バイオデータベースとソフトウェア最前線 実験医学増刊, 26(7), 1056-1061, 2008 |
| プロジェクト名 | ゲノム情報統合プロジェクト |
|---|---|
| 分野 | ゲノムインフォマティックス |
| 目的 | # ヒト遺伝子の完全なカタログを作成 # H-InvDBを基礎としたアノテーション技術開発 # 疾患、遺伝子発現、タンパク質間相互作用など情報統合 |
| 紹介 | 本プロジェクトは、経済産業省のモデル事業として平成17年度から平成19年度までの3年間にわたり、バイオ産業情報化コンソーシアムを中心としてその他6つの共同研究機関が実施した。ヒト完全長cDNAを詳細にアノテーション（注釈付け）したH-Invitational Database（H-InvDB）を基礎として、その構築のための技術をさらに高度化し、世界最高水準のヒト全遺伝子データベースを構築して公開した。 |
| キーワード | ゲノム｜遺伝子｜アノテーション｜統合｜データベース |
| 特許（日本、海外） | JP2006323830(A) | JP2008097189(A) |
| アーカイブ | |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | Evola | G-compass | H-ANGEL | H-Exp | H-InvDB | HEAT | LEGENDA | MDV | PPI view | TACT | VarySysDB |
| プロジェクト名 | 統合データベースプロジェクト |
|---|---|
| 分野 | ゲノムインフォマティックス |
| 目的 | これまでに経済産業省関連機関により実施された研究開発プロジェクトの成果等を整備することにより、ライフサイエンス分野における研究開発の促進に資するデータベースを構築することを目的とします。 |
| 紹介 | 経済産業省からの委託を受け、経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果であるデータベースに関する情報提供サイトを構築・運用します。また、ヒト遺伝子に関連した各種研究成果に関しては、平成17～19年度に実施したゲノム情報統合プロジェクトにおいて構築した、ヒト全遺伝子のアノテーション統合データベース (H-Invitational DB: http://www.h-invitational.jp/) を基礎として、経済産業省関連の研究成果を連携して利用できるシステムを構築します。 |
| キーワード | デ－タベ－ス｜解析ツ－ル｜成果物｜ポ－タル｜統合 |
| 特許（日本、海外） | - |
| アーカイブ | |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | H-InvDB | リンク自動管理システム | ID一括変換システム | LEGENDA | MEDALS | PMID-Extractor | PPI view | PubMedScan | VarySysDB |