詳細情報
| 成果物名 | CellMontage |
|---|---|
| 成果物の別名 | なし |
| 成果物に関する説明 | CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。 |
| 成果物のタイプ | DB |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://cellmontage.cbrc.jp/cgi-bin/index.cgi |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | Profile Matching: "データベース"を選択し、"クエリー"を入力し、"パラメーター"を選択して、[Begin Search]を押します。 Profile Retrieval: "キーワード"を検索テキストボックスに入力し、対象データベースを選択、[GO]ボタンを押します。 |
| キーワード | microarray | GEO | ArrayExpress | cell type |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 65,259 | http://cellmontage.cbrc.jp/download/からファイルダウンロード。 |
| 使っている外部リソース | NCBI |
| 主な対象データ | 遺伝子発現 、細胞、組織 |
| 生物種 | 脊椎動物-哺乳類-ヒト |
| 利用条件 | 調査中 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 5 |
| 最終更新日（調査日） | 2009/10/22 (2010/03/31) |
| 利用できるID | GEO ID |
| IDを使った成果物の利用方法 | 調査中 |
| 外部リンク | GEO (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) |
| 論文等（PubMed ID） | Fujibuchi W, Kiseleva L, Taniguchi T, Harada H, Horton P. "CellMontage: similar expression profile search server." Bioinformatics. 2007 Nov 15;23(22):3103-4. | Natalia Polouliakh, Tohru Natsume, Hajime Harada, Wataru Fujibuchi, & Paul Horton, "Comparative Genomic Analysis of Transcription Regulation Elements Involved In Human Map Kinase G-Protein Coupling Pathway", Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2006 Apr;4(2):469-82. | Wataru Fujibuchi, Larisa Kiseleva, Takeaki Taniguchi & Paul Horton, "Development of Cell Knowledge Base and Prediction of Cell Types and Characteristics by Gene Expression Profiles" (in Japanese), IPSJ SIG Technical Report 2005-BIO-2, pp. 33-37. 2005. | "GENE EXPRESSION PROFILE RETRIEVING APPARATUS, GENE EXPRESSION PROFILE RETRIEV\ ING METHOD, AND PROGRAM" US patent [US_11/235150] 2005/09/27 | Reality for finding homologous gene expression profiles, Fujibuchi, W. and Horton, P., poster presentation at BITS 2004 Oct. 30 in Kazusa DNA research institute, Chiba.http://www.kap.co.jp/bits2004/ | CellMontage - Cell type retrieval system by gene expression profiles, Fujibuchi, W., oral presentation at AIST bioinformatics educational course symposium, 2004 Oct. 1. | Microarray analysis on many genes determine a cell type., Fujibuchi, W., poster presentation at ISMB 2004 Aug. in Glasgow.http://www.iscb.org/ismb2004/cgi-bin/posterabstracts.cgi | Development of similar cell search system, "Cell Montage" from gene expression profiles., Fujibuchi, W. and Horton, P., poster presentation at life science field research workshop, 2004 Feb. 3(Japanese). |