詳細情報
| 成果物名 | WoLF PSORT |
|---|---|
| 成果物の別名 | なし |
| 成果物に関する説明 | WoLF PSORTは 1) アミノ酸から蛋白質の細胞内局在予測 2) 蛋白質の細胞内局在化アノテーション を提供しています。1)は任意のアミノ酸配列に 対してできる。2)はuniprotと文献情報を整理した情報です。 |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://wolfpsort.org |
| インターフェイス | Web|Web service(SOAP) |
| 入力例 | ＨＰテキストボックスにアミノ酸配列を貼り付けるか、 multifasta形式の配列データファイルをアップロードします。 |
| キーワード | タンパク質|細胞内局在予測 |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 12 | wolfpsort.orgからリンクを追うとバージョン毎のダウンロードページに 辿り着けます。 |
| 使っている外部リソース | SWISS-Prot |
| 主な対象データ | タンパク質-配列 真核生物の核ゲノムにコードされている蛋白質 |
| 生物種 | 真核生物 |
| 利用条件 | 表示-非営利-継承 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 1 |
| 最終更新日（調査日） | 2006/09/01 |
| 利用できるID | Uniprot Accession |
| IDを使った成果物の利用方法 | 現在サポートされていない。 |
| 外部リンク | Uniprot(uniprot.ort), Tair(arabidopsis.org), PubMed(ncbi.nlm.nih.gov/entrez/), Gene Ontology(www.geneontology.org) |
| 論文等（PubMed ID） | 「アミノ酸配列に基づくタンパク質の細胞内局在予測」, 中井謙太・Paul Horton 実験医学増刊号、「バイオインフォマティクスツール の開発と生命研究への応用の最前線」、羊土社、26(7):140-6, 2008. Paul Horton・中井謙太, 中村・礒合・石川・平川・坊農(編)、"バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法 改訂第２版"、羊土社、2007. PMID: 17517783 | Paul Horton, Keun-Joon Park, Takeshi Obayashi, Naoya Fujita, Hajime Harada, C.J. Adams-Collier, & Kenta Nakai, "WoLF PSORT: Protein Localization Predictor", Nucleic Acids Research, doi:10.1093/nar/gkm259, 2007. PMID: 17951705 "Computational Prediction of Subcellular Localization", Kenta Nakai & Paul Horton, Methods Mol Biol., 390:429-66,2007. Paul Horton, Keun-Joon Park, Takeshi Obayashi & Kenta Nakai, "Protein Subcellular Localization Prediction with WoLF PSORT", Proceedings of the 4th Annual Asia Pacific Bioinformatics Conference APBC06, Taipei, Taiwan. pp. 39-48, 2006. |