詳細情報
| 成果物名 | POODLE |
|---|---|
| 成果物の別名 | なし |
| 成果物に関する説明 | POODLEは、アミノ酸配列から機械学習法を用いて、タンパク質のディスオーダー（立体構造を形成しない）領域を予測するプログラム群です。POODLEは、短いディスオーダー領域用（S)、長いディスオーダー領域用(L)と配列全体用(W)の3種類があります。 |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://mbs.cbrc.jp/poodle/ |
| インターフェイス | GUI|Webサービス(SOAP) |
| 入力例 | 1.プログラムを選択する。 2．アミノ酸配列をテキストボックスに入力する。 (3.)SかWを選択した場合は、E-mailアドレスを入力する。 4."submit"をクリックする。 |
| キーワード | 蛋白質 | ディスオーダー | 予測 |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | - | なし |
| 使っている外部リソース | なし |
| 主な対象データ | タンパク質-アミノ酸特性 |
| 生物種 | 全生物種 |
| 利用条件 | 調査中 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 1 |
| 最終更新日（調査日） | 2007/05/06 (2009/01/07) |
| 利用できるID | 調査中 |
| IDを使った成果物の利用方法 | なし |
| 外部リンク | なし |
| 論文等（PubMed ID） | POODLE-S: web application for predicting protein disorder by using physicochemical features and reduced amino acid set of a position-specific scoring matrix. | "POODLE-L: a two-level SVM prediction system for reliably predicting long disordered regions" , Bioinformatics 2007 23(16) 2046-53. | K. Shimizu, Y. Muraoka, S. Hirose, K. Tomii and T. Noguchi "Predicting mostly disordered proteins by using structure-unknown protein data", BMC Bioinformatics 2007, 8:78. |