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| 成果物名 | FORTE |
|---|---|
| 成果物の別名 | なし |
| 成果物に関する説明 | FORTEは、タンパク質構造類似性検索のためのプロファイル-プロファイル比較ツールです。ユーザーは、問い合わせタンパク質のアミノ酸配列を用いて、既知立体構造との類似性検索を行うことが可能です。検索結果は、ペアワイズアラインメントの形式で表示されます。 |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.cbrc.jp/forte |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | サイト画面において、FASTAフォーマットのアミノ酸配列をアップロード（もしくはペースト）し、submitボタンをクリックする。 |
| キーワード |
調査中
|
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 0.0 | なし |
| 使っている外部リソース | NCBI | ASTRAL |
| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
| 生物種 |
全生物種
|
| 利用条件 | 要メイルアドレス |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 5回以上/１年 |
| 最終更新日（調査日） | 2010/04/15 (2010/04/15) |
| 利用できるID | なし |
| IDを使った成果物の利用方法 | 適用外 |
| 外部リンク | 調査中 |
| 論文等（PubMed ID） | 14764565 | 16187352 |
| プロジェクト名 | タンパク質の構造・機能予測法の開発とヒトゲノム配列への適用 |
|---|---|
| 分野 | ゲノムインフォマティックス |
| 目的 | 現在までにヒトをはじめ、チンパンジー、イヌ、ネズミなど、高等生物のゲノム配列が明らかとなったが、ゲノムにコードされているタンパク質の構造や機能を配列から直接知ることができないため、配列情報から高次機能の情報を、過不足無く迅速に取り出すことは難しい。本研究ではタンパク質の配列から構造、分子機能を予測するために、データベース解析や予測法の開発、また予測結果の実験検証などを行い、なるべく自動化された構造予測、機能予測システム（パイプライン）を作成する。それらをヒトゲノム由来の配列に適用し、結果をデータベースに格納する。 |
| 紹介 | 本研究はおおよそ４パートより構成される。１）構造予測：高等生物由来のタンパク質の多くはマルチドメインタンパク質で、天然変性構造も多く含まれる。このような性質を取り込んだ構造予測システムを確立する。２）機能予測：タンパク質の構造変化、タンパク質－低分子の結合状態、タンパク質－タンパク質の結合状態、酵素タンパク質の機能、などの予測法を開発する。また手法開発の基礎となるデータベース解析を実施する。３）実験検証：構造予測、機能予測結果を実験的に検証するシステムを確立、適用する。４）データベース構築：上記の結果を格納、表示するためのシステム開発を行う。立体構造、構造変化と分子機能の関係がわかるよう、アニメーション技術を活用する。 |
| キーワード | アノテーション｜タンパク質｜立体構造｜機能 |
| 特許（日本、海外） | PCT/JP03/16982 |
| 成果物 (データベース、解析ツール) |