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| 成果物名 | PDB-REPRDB |
|---|---|
| 成果物の別名 | 代表的タンパク質チェイン決定システム |
| 成果物に関する説明 | PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を提供するデータベースです。 また、SCOP の分類をもとに、coiled coil proteins と peptides のチェインは分類対象から除くものとします。 |
| 成果物のタイプ | DB |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://mbs.cbrc.jp/pdbreprdb-cgi/reprdb_menuJ.pl |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | 「条件の適用」を選択し、「条件」を入力し、「優先度」を入力して"Make List"ボタンを押す。 |
| キーワード |
調査中
|
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 0 | なし |
| 使っている外部リソース | PDB (Protein Data Bank) | SCOP (Structural Classification of Proteins) |
| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 タンパク質チェイン |
| 生物種 |
全生物種
|
| 利用条件 | 調査中 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 1 |
| 最終更新日（調査日） | 2010/04/15 (2010/04/15) |
| 利用できるID | PDB (Protein Data Bank) ID |
| IDを使った成果物の利用方法 | 調査中 |
| 外部リンク | 調査中 |
| 論文等（PubMed ID） | T. Noguchi, K. Onizuka, Y. Akiyama, and M. Saito: "PDB-REPRDB: A Database of Representative Protein Chains in PDB (Protein Data Bank)". Proc. of the Fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, AAAI press (1997).
Tamotsu Noguchi, Kentato Onizuka, Makoto Ando, Hideo Matsuda and Yutaka Akiyama: "Quick Selection of Representative Protein Chain Sets Based on Customizable Requirements", Bioinformatics, Vol.16, No. 6, 520-526(2000).
Tamotsu Noguchi, Hideo Matsuda and Yutaka Akiyama: "PDB-REPRDB: a database of representative protein chains from the Protein Data Bank (PDB)", Nucleic Acids Research, Vol.29, No.1, 219-220(2001).
Noguchi,T. and Akiyama,Y.: "PDB-REPRDB: a database of representative protein chains from the Protein Data Bank (PDB) in 2003", Nucleic Acids Research, Vol.31, No.1, 492-493 (2003). |