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関連プロジェクト

成果物名 EzCatDB
成果物の別名 なし
成果物に関する説明

EzCatDBデータベースでは、酵素立体構造情報、文献情報などに基づいて、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各酵素エントリーには、酵素番号(EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクが張られています。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/
インターフェイス GUI
入力例

Search Pageで、"Enzyme Name in KEGG"ボックスに酵素名（"amylase"など）を入力し、[Search]ボタンを押す
キーワード
調査中
ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 0 | 今のところサービスしていません。
使っている外部リソース SWISS-Prot | PDB | PubMed | KEGG | CATH | PDBsum | CSA | MACiE | 文献
主な対象データ タンパク質-立体構造 酵素
生物種
全生物種
利用条件 表示-非営利-継承 ユーザーアカウント不要
データ更新頻度 (過去2年間) 3
最終更新日（調査日） 2011/12/28 (2011/12/29)
利用できるID DB code (酵素ID) | EC number | PDB ID | CATH code | KEGG | UniProt ID | PubMed ID
IDを使った成果物の利用方法 http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/search/get.do?dbcode=[DB code]
外部リンク

SWISS-Prot | PDB | PubMed | KEGG | CATH | PDBsum | PDBj | CSA | MACiE
論文等（PubMed ID）

Nozomi Nagano, Tamotsu Noguchi, Yutaka Akiyama (2007) "Systematic Comparison of Catalytic Mechanisms of Hydrolysis and Transfer Reactions Classified in the EzCatDB Database." PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. 66, 147-159. | Nozomi Nagano (2005) "EzCatDB: The Enzyme Catalytic-Mechanism Database." Nucleic Acids Research, 33, Database Issue, D407-D412.

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プロジェクト名 科学技術振興機構（JST）バイオインフォマティクス推進事業（BIRD）
分野 ゲノムインフォマティックス
目的 従来の酵素分類EC番号に替る酵素反応分類RLCPを提案している。本研究開発では、酵素触媒部位の構造と触媒機能の相関関係から、機能未知の立体構造に対する酵素触媒反応の予測を行うシステムを開発することを目的とする。
紹介 酵素に自動的に機能分類させるには、既存の酵素分類をコンピュータに教えておく必要があります。なぜなら、機能が分からない酵素がどのような機能を持っているか調べるには、機能が分かっている酵素のうち似た形を持ったものを探すからです。それゆえに、なるべく多くの酵素の機能をコンピュータに与えておいた方が予測の精度がよくなります。似た形を見つけるといっても、蛋白質全体の形を見るのではなく、酵素反応に関係がある部分(反応部位)だけ形が似ているか調べます。そのために、機能既知の酵素を反応部位だけ切り取ったテンプレートに変換しておきます。コンピュータはこのテンプレートと機能が分からない蛋白質を見比べて酵素反応を予測します。我々が開発しようとしている「酵素反応予測システム」はこのようなシステムです。また、このシステムを使って新たに機能が分かった酵素の反応部位をこれまでのテンプレートのセットに加えて、システムの精度をさらに改良していきます。
キーワード 酵素｜反応
特許（日本、海外） 調査中
成果物 (データベース、解析ツール)