詳細情報
| 成果物名 | G-compass |
|---|---|
| 成果物の別名 | G-compass : Comparative genome browser |
| 成果物に関する説明 | G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト＋12生物種です（チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ）。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。 |
| 成果物のタイプ | DB |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.h-invitational.jp/g-compass/ |
| インターフェイス | 検索サイト |
| 入力例 | トップページ上部の"Search"で、"Target"プルダウンメニューからKeywordを選び、テキストボックスに"calmodulin"を入力して"submit"ボタンを押す。 |
| キーワード | 調査中 |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 7400.0 | ダウンロードページ (http://www.h-invitational.jp/evola/download_jp.html) |
| 使っている外部リソース | H-InvDB | DDBJ | Ensembl | Refseq | UCSC |
| 主な対象データ | 比較ゲノム |
| 生物種 | 脊椎動物-哺乳類-ヒト |
| 利用条件 | 調査中 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 4 |
| 最終更新日（調査日） | 2008/05 (2009/01/20) |
| 利用できるID | HIX(gene cluster) | HIT(transcript) | Accession Number | HUGO Gene Symbol | InterPro ID |
| IDを使った成果物の利用方法 | 調査中 |
| 外部リンク | http://www.h-invitational.jp/g-compass/cgi-bin/gc_main.cgi?hit=[HIT ID]&species_1=[SPECIES1 (e.g. hg18)]&species_2=[SPECIES2(e.g. pt2)] |
| 論文等（PubMed ID） | 16169162 |
| プロジェクト名 | ゲノム情報統合プロジェクト |
|---|---|
| 分野 | ゲノムインフォマティックス |
| 目的 | # ヒト遺伝子の完全なカタログを作成 # H-InvDBを基礎としたアノテーション技術開発 # 疾患、遺伝子発現、タンパク質間相互作用など情報統合 |
| 紹介 | 本プロジェクトは、経済産業省のモデル事業として平成17年度から平成19年度までの3年間にわたり、バイオ産業情報化コンソーシアムを中心としてその他6つの共同研究機関が実施した。ヒト完全長cDNAを詳細にアノテーション（注釈付け）したH-Invitational Database（H-InvDB）を基礎として、その構築のための技術をさらに高度化し、世界最高水準のヒト全遺伝子データベースを構築して公開した。 |
| キーワード | ゲノム｜遺伝子｜アノテーション｜統合｜データベース |
| 特許（日本、海外） | JP-2006-323830 | JP-2008-097189 |
| アーカイブ | |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | Evola | H-ANGEL | H-DBAS | H-Exp | H-InvDB | HEAT | LEGENDA | MDV | PPI view | TACT | VarySysDB |
| プロジェクト名 | バイオインフォマティクス関連データベース整備 |
|---|---|
| 分野 | バイオインフォマティクス |
| 目的 | ゲノム情報とバイオインフォマティクス知的基盤の整備を通じた産業界への貢献を行う。 |
| 紹介 | 本事業では、ヒトゲノム研究成果の共通研究基盤としての統合データベースの開発・提供に取り組み、ヒトゲノムに関する有用なバイオインフォマティクス関連データベースと各種解析用のソフトウエアを統合的に利用できるシステムを整備する。また、ヒトゲノムのアノテーション研究を実施し、ヒト遺伝子とタンパク質に関する生物学的な知識や他の生物の関連情報をデータベース化する。さらに、以上に必要な情報処理技術の研究開発や、比較ゲノム解析等を用いたゲノム配列からの情報抽出に関する基礎研究も推進する。これらの研究開発によって、基礎科学としてのバイオインフォマティクスの発展に寄与するだけでなく、広く産業界等へバイオ情報の高度な利用環境を提供することにより、我が国のバイオ産業における技術開発の促進に貢献する。 |
| キーワード | ヒト完全長cDNA国際アノテーションジャンボリー | 統合バイオデータベースシステム | ヒト完全長cDNA | 比較ゲノム | アノテーションシステム |
| 特許（日本、海外） | PCT/JP2004/011624 | 特開2006-323830 | 特開2006-072861 |
| アーカイブ | |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | H-ANGEL | H-InvDB | LEGENDA |
| プロジェクト名 | 統合データベースプロジェクト |
|---|---|
| 分野 | ゲノムインフォマティックス |
| 目的 | これまでに経済産業省関連機関により実施された研究開発プロジェクトの成果等を整備することにより、ライフサイエンス分野における研究開発の促進に資するデータベースを構築することを目的とします。 |
| 紹介 | 経済産業省からの委託を受け、経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果であるデータベースに関する情報提供サイトを構築・運用します。また、ヒト遺伝子に関連した各種研究成果に関しては、平成17～19年度に実施したゲノム情報統合プロジェクトにおいて構築した、ヒト全遺伝子のアノテーション統合データベース (H-Invitational DB: http://www.h-invitational.jp/) を基礎として、経済産業省関連の研究成果を連携して利用できるシステムを構築します。 |
| キーワード | デ－タベ－ス｜解析ツ－ル｜成果物｜ポ－タル｜統合 |
| 特許（日本、海外） | - |
| アーカイブ | |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | Evola | H-ANGEL | H-DBAS | H-Exp | H-InvDB | リンク自動管理システム | ID一括変換システム | LEGENDA | MEDALS | PMID-Extractor | PPI view | PubMedScan | VarySysDB |