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関連プロジェクト

成果物名 Rfold
成果物の別名 なし
成果物に関する説明 構造RNAの配列解析に、二次構造エネルギー的な塩基対の組みやすさを示す塩基対確率行列がこれまでよく使われてきました。近年、高等真核生物においてタンパク質をコードしないRNAが大量に転写されていることがわかり、これらのRNAの配列解析研究をするために、非常に長いゲノム上の領域に対して、（塩基対間距離がW以下に制限された）局所的な塩基対確率を求める方法の必要性が増しています。 従来このような確率を計算するプログラムには、非現実的に単純化されたモデルを用いるものや、近似的な計算手法を用いるものしかありませんでした。 Rfoldは、二次構造のエネルギーモデルに基づき局所塩基対確率を近似なしに計算することができる初めてのソフトウェアです。 配列長をNとしたとき、RfoldはO(NW２)の時間計算量と、O(N＋W2)領域計算量で局所塩基対確率の計算を行います。 さらにRfoldには、近年その有効性が確かめられてきている、期待精度最大化(Maximal Expected Accuracy)法に基づき、二次構造を予測するアルゴリズムが実装されています。
成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://www.ncrna.org/software/rfold/rfold/?searchterm=rfold
インターフェイス Source Code を配布
入力例 source code ボタンをクリックする
キーワード 調査中
ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 0.5 | http://www.ncrna.org/software/rfold/
使っている外部リソース なし
主な対象データ RNA
生物種 全生物種
利用条件 表示-継承 アカウント不要
データ更新頻度 (過去2年間) 1
最終更新日（調査日） 2008/10/21 (2008/10/21)
利用できるID なし
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク 調査中
論文等（PubMed ID） Rfold: An exact algorithm for computing local base pairing probabilities Hisanori Kiryu; Taishin Kin; Kiyoshi Asai Bioinformatics 2007; doi:10.1093/bioinformatics/btm591

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プロジェクト名 機能性RNAプロジェクト
分野 ゲノムインフォマティックス
目的 バイオインフォマティクスの活用による機能性RNAを推定する技術の開発、機能性RNA解析のための支援技術・ツールの開発、および機能性RNAの機能を解析することにより、本研究分野における我が国の優位性の確立を目指します。(NEDO：機能性RNAプロジェクト：事業・プロジェクト概要(http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p06011/p06011.html)より引用)
紹介 近年の研究により、我々哺乳類を含む高等生物の細胞中には、従来のタンパク質をコードするRNAとは異なり、タンパク質をコードしていないにもかかわらず転写されるnon-coding RNA（ncRNA：非コードRNA）が多数存在することが明らかになりました。これらは、機能性RNAとして、発生や細胞分化の過程において重要な役割を果たしており、がんや糖尿病などの疾患の発生にも深く関わっているものと考えられています。本プロジェクトでは、バイオインフォマティクスの活用による機能性RNAを推定する技術の開発、機能性RNA解析のための支援技術・ツールの開発、および機能性RNAの機能を解析することにより、本研究分野における我が国の優位性の確立を目指します。また、本プロジェクトにおける成果を素早く特許化することにより、将来的な医療・診断分野における新産業の創出に貢献します。(NEDO：機能性RNAプロジェクト：事業・プロジェクト概要(http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p06011/p06011.html)より引用)
キーワード 機能性RNA｜non-coding RNA｜バイオインフォマティクス｜機能解析｜ツール開発
特許（日本、海外） 調査中
アーカイブ
機能性RNA プロジェクト 中間年報 (平成１８年度～平成２１年度)
成果物 (データベース、解析ツール) CentroidFold | Murlet | RNAmine | 機能性RNA配列データベース | 機能性RNAゲノムブラウザー