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| 成果物名 | SpiceHIT |
|---|---|
| 成果物の別名 | なし |
| 成果物に関する説明 | CE-MSによるSIM分析データから、化合物ピークを迅速に同定するためのJavaソフトウェア。CSVテキストファイルを読み込んで、ピーク幅やピーク強度の閾値、スムージング機能などを用いてピーク抽出を行うことができる。あらかじめ用意した定義ファイルに基づいて、ピークの化合物名のアノテーションを自動で行うことができる。また、定義ファイルにはない溶出時間の異なる未知ピークに関しても一括してデータを収集することができ、GUIの画面でそれらのアノテーションをつけることもできる。同定したピークについて、質量値ごとにシートに分かれたExcel形式のレポートファイルを出力できる。同じ質量値の未知ピークを統一的に扱うことで、大規模なメタボローム解析用のデータセットを作成することができる。 |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | （財）かずさディー・エヌ・エー研究所 |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.kazusa.or.jp/komics/software/SpiceHit/ |
| インターフェイス | GUIツール |
| 入力例 | method fileとraw dataを読み込んで、Analyzeボタンを押すと結果が表示される。その後Fileメニューからレポートファイルをセーブできる。 |
| キーワード |
選択的イオンモニター法|peak identification tool|capillary electrophoresis|mass spectrometory
|
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 6.13 | http://www.kazusa.or.jp/komics/software/SpiceHit/からSpiceHit_2_0.zipをダウンロード |
| 使っている外部リソース | 調査中 |
| 主な対象データ | 代謝産物 |
| 生物種 |
全生物種
|
| 利用条件 | 表示 - クリエイティブ コモンズ |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 0-1回/年 |
| 最終更新日（調査日） | 2011 (2011/11/10) |
| 利用できるID | N/A |
| IDを使った成果物の利用方法 | なし |
| 外部リンク | N/A |
| 論文等（PubMed ID） | 12855464 | 16204111 |
| プロジェクト名 | 植物利用エネルギー使用合理化工業原料生産技術開発 |
|---|---|
| 分野 | グリーンバイオ |
| 目的 | 植物の物質生産プロセスをシステムとして解析してデータベースを構築し、工業原料などの有用物質を生産させる様々な実用植物の物質生産プロセスを人為的に改変するための技術基盤を構築することを目的としています。 これまでに、モデル植物としてシロイヌナズナとミヤコグサを選定し、DNAマイクロアレイによる遺伝子発現の網羅的解析や遺伝子導入による機能解析を行い、代謝経路の解明とデータベース化を進めています。また、代謝系の一連の遺伝子群を制御する調節因子の探索や、タバコを材料に葉緑体形質転換技術により基幹代謝系改変植物の作出も進めています。 モデル植物での成果を活用して、実用植物（ユーカリ、ゴム、カンゾウ、アマ等）における目的物質の生産経路の解析と遺伝子組換え系の構築などを行って、植物の物質生産機能の工業的利用への応用のための技術を開発します。（NEDOプロジェクト紹介より） |
| 紹介 | モデル植物と特定の実用植物を用い、物質生産系を解析し（cDNA取得・解析、物質生産経路・機能解析、物質生産系における調節遺伝子等の機能解析）、作成した統合データベースを活用して、目的とする工業原料を、適切な部位・時期に、適切な量を効率的に生産させる技術基盤を構築する。（中間評価報告書より） |
| キーワード | 実用植物 | 統合データベース | 生産プロセス | 網羅的解析 |
| 特許（日本、海外） | 調査中 |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity | ATTED II | CoP | DAGViz | DPClus | Dr DMASS | Dr DMASS+ | FragmentAlign | FuLoJa | KAGIANA | KATANA | KNApSAcK | KNApSAck Family | KOMICS | KaPPA-View | KaPPA-View4 KEGG | MassBase | RnR | SokanProject | THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX - | ミヤコグサEST・完全長配列 |