詳細情報
| 成果物名 | GenoBase |
|---|---|
| 成果物の別名 | GenoBase |
| 成果物に関する説明 | GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。 |
| 成果物のタイプ | DB |
| 運用機関 | 奈良先端科学技術大学院大学 | パデュー大学 |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://ecoli.aist-nara.ac.jp/gb6/WGB/intro.html | http://sal.cs.purdue.edu:8097/GB7/index.jsp |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | [by keyword] JW No、ECK No、gene id、遺伝子名または 生物学的キーワードを入力して"Search"ボタンを押す。 [by homology] DNA配列またはアミノ酸配列をテキストエリアに入力、相同性検索プログラムを選択して"Search"ボタンを押す。 [CategoricalSearch] "ORF"、"RNA"、"Transcription"の各カテゴリーについて、DNA SIZE(bp)、Genomic region(bp)、Genomic region(min) のいずれかを選択し、ゲノム範囲を入力、"Search"ボタンを押す。 [clip sequence] ゲノム位置を指定、またはDNA配列をテキストエリアに入力し、Convert(Clip/Convert)ボタンを押す。 |
| キーワード | Escherichia coli K-12 (W3110) |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 20 (ゲノムデータ) | http://sal.cs.purdue.edu:8097/GB7/index.jsp?page=genome_download.jsp からファイルダウンロード |
| 使っている外部リソース | なし |
| 主な対象データ | アノテーション |
| 生物種 | 微生物-大腸菌 |
| 利用条件 | なし |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 1回/1年 |
| 最終更新日（調査日） | 2009/01 (2010/01/25) |
| 利用できるID | JW | ECK |
| IDを使った成果物の利用方法 | http://ecoli.aist-nara.ac.jp/GB6/info.jsp?id=JW3212 |
| 外部リンク | EcoliCommunity (http://www.ecolicommunity.org/) |
| 論文等（PubMed ID） | 16738554 |
| プロジェクト名 | 生物機能を活用した生産プロセスの基盤技術開発 |
|---|---|
| 分野 | グリーンバイオ |
| 目的 | 化石資源に大きく依存した化学工業等の生産システムから、環境負荷の少ない省エネルギー・環境調和型循環産業システムへの変革の促進および、我が国バイオ産業の国際的競争力の維持、増進のため、化学プロセスを代表とする従来の物質生産プロセスに代替しうる、バイオプロセスの基盤的技術の開発を目的とする。（JBAサイトより） |
| 紹介 | 国家産業技術戦略（平成12年4月）においてバイオテクノロジー産業化の取り組みとして環境・工業プロセス分野の重要性が認識された後、本プロジェクトは、幅広い産業分野の企業経営者で設立された「グリーンバイオ戦略フォーラム」（平成11年設立）で検討され、日本新生プランの中で行われる環境バイオ推進のための「グリーンバイオイノベーションプログラム」の一環として、平成13年度からスタートした。実験および理論的手法を組合せ、生産目的に合わせて微生物を設計・改変し、物質生産を効率的に行う宿主細胞を創製するための技術開発を行うとともに、物質生産に有用な微生物遺伝資源を探索・整備することにより、バイオプロセスの技術基盤の確立を目指す。（JBAサイトより） |
| キーワード | 汎用的宿主細胞 | 宿主細胞創製技術 | 細胞モデリング技術 | 微生物遺伝資源ライブラリー |
| 特許（日本、海外） | 特願2004-0599398 | 特願2004-113468 | PCT/JP2004/005162 | 特願2004-171548 | 特願2004-233562 | 特願2004-235414 | 特願2004-235918 | 特願2004-254446 | PCT/JP2004/016890 | PCT/JP2004/016891 | 特願2004-341706 | 特願2004-357556 | 特願2004-368166 | 特願2004-380940 | 特願2005-022196 | 特願2005-026723 | 特願2005-82420 |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | CADLIVE | 大腸菌マルチオミクス データベース | MassBank | 予測プログラム |
| 関連プロジェクト |
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