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| 成果物名 | ATTED II |
|---|---|
| 成果物の別名 | Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database |
| 成果物に関する説明 | ATTED IIは遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供するデータベースです。共発現遺伝子データソースはAtGenExpressで集められた公に使えるマイクロアレイデータ（58実験、1388スライド）です。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank（MR）です。3月にCoeXSearch機能が付け加わりました。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。 |
| 成果物のタイプ | DB |
| 運用機関 | 東北大学、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://atted.jp/ |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | 画面右上部のテキストボックスに”MYB2”を入力して、[search for Arabidopsis]をクリックする。検索結果一覧テーブルの右の[list]リンクをクリックすると共発現遺伝子が表示されます。 |
| キーワード |
共発現 | シスエレメント | マイクロアレイ | TSS
|
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 2804 | http://atted.jp/top_download.shtml からファイルダウンロード |
| 使っている外部リソース | AtGenExpress |
| 主な対象データ | 遺伝子発現 、マイクロアレイ、パスウェイ |
| 生物種 |
植物-シロイヌナズナ
|
| 利用条件 | なし |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 3回/年 |
| 最終更新日（調査日） | 2010/05/20 (2010/05/24) |
| 利用できるID | AGI code |
| IDを使った成果物の利用方法 | http://atted.jp/data/cor/[AGIコード].html |
| 外部リンク | EBI( http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/ ) | KEGG( http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html ) | TAIR( http://arabidopsis.org/index.jsp ) | RAP-DB( http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ ) | SALAD Database( http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/ ) | NCBI( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ) | TIGER | MIPS( http://mips.helmholtz-muenchen.de/cgi-bin/proj/thal/search_gene ) | SIGnAL( http://signal.salk.edu/ ) | Arabidopsis MPSS Plus( http://mpss.udel.edu/at/ ) | Arabidopsis eFP Browser( http://bbc.botany.utoronto.ca/efp/cgi-bin/efpWeb.cgi ) | AthaMap( http://www.athamap.de/index.php ) | KATANA( http://www.kazusa.or.jp/katana/index.html ) | TilViz( http://jsp.weigelworld.org/tileviz/tileviz.jsp ) |
| 論文等（PubMed ID） | 18953027 | 17130150 | 19767600 | 19620096 | 17932064 |
| プロジェクト名 | 植物利用エネルギー使用合理化工業原料生産技術開発 |
|---|---|
| 分野 | グリーンバイオ |
| 目的 | 植物の物質生産プロセスをシステムとして解析してデータベースを構築し、工業原料などの有用物質を生産させる様々な実用植物の物質生産プロセスを人為的に改変するための技術基盤を構築することを目的としています。 これまでに、モデル植物としてシロイヌナズナとミヤコグサを選定し、DNAマイクロアレイによる遺伝子発現の網羅的解析や遺伝子導入による機能解析を行い、代謝経路の解明とデータベース化を進めています。また、代謝系の一連の遺伝子群を制御する調節因子の探索や、タバコを材料に葉緑体形質転換技術により基幹代謝系改変植物の作出も進めています。 モデル植物での成果を活用して、実用植物（ユーカリ、ゴム、カンゾウ、アマ等）における目的物質の生産経路の解析と遺伝子組換え系の構築などを行って、植物の物質生産機能の工業的利用への応用のための技術を開発します。（NEDOプロジェクト紹介より） |
| 紹介 | モデル植物と特定の実用植物を用い、物質生産系を解析し（cDNA取得・解析、物質生産経路・機能解析、物質生産系における調節遺伝子等の機能解析）、作成した統合データベースを活用して、目的とする工業原料を、適切な部位・時期に、適切な量を効率的に生産させる技術基盤を構築する。（中間評価報告書より） |
| キーワード | 実用植物 | 統合データベース | 生産プロセス | 網羅的解析 |
| 特許（日本、海外） | 調査中 |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity | CoP | DAGViz | DPClus | Dr DMASS | Dr DMASS+ | FragmentAlign | FuLoJa | KAGIANA | KATANA | KNApSAcK | KNApSAck Family | KOMICS | KaPPA-View | KaPPA-View4 KEGG | MassBase | RnR | SokanProject | SpiceHIT | THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX - | ミヤコグサEST・完全長配列 |