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関連プロジェクト

成果物名 KATANA
成果物の別名 シロイヌナズナ遺伝子情報データベース
成果物に関する説明 シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。多くのデータベース間での変化は、同じ遺伝子を別の注釈を付けることができます。命名規則を鑑み、我々はWebベースのツールKATANA（かずさシロイヌナズナアノテーション抄録; http://www.kazusa.or.jp/katana/）を開発し、ユーザーがシロイヌナズナのゲノム情報に関連する公共のデータベースに1つのサイトからの検索できるように誘導します。（出典：論文より）このツールには、遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー（GO）ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法（MPSS）の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。このツール内のエントリにはそれらのデータベースへのハイパーリンクがあり、元のサイトにアクセスすることで詳細化できます。代謝経路とGOタームの高度な検索も行うことができます。（出典：オリジナルペーパーより）
成果物のタイプ DB
運用機関 （財）かずさディー・エヌ・エー研究所
機関所在国 日本
サイトURL http://www.kazusa.or.jp/katana/index.html
インターフェイス GUI
入力例 調査中
キーワード シロイヌナズナ | データベース | アノテーション | 遺伝子オントロジー | 代謝経路
ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 0 | なし
使っている外部リソース TAIR | TIGR | KEGG | AtTFDB | MIPS | AraCyc
主な対象データ 遺伝子発現 、代謝経路、GO
生物種 植物-シロイヌナズナ
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 2年以上なし
最終更新日（調査日） 2007/02/19( 2009/10/13 )
利用できるID N/A
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク TAIR | TIGR | MIPS| KEGG | AraCyc | agris | MPSS | GO
論文等（PubMed ID） KATANA: A web-based guide to public databases for Arabidopsis genomic information Kentaro Yano, Tomoko Dansako, Nozomu Sakurai, Hideyuki Suzuki, Daisuke Shibata, Plant Biotechnology 22(3), 225-229 (2005).

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プロジェクト名 植物利用エネルギー使用合理化工業原料生産技術開発
分野 グリーンバイオ
目的 植物の物質生産プロセスをシステムとして解析してデータベースを構築し、工業原料などの有用物質を生産させる様々な実用植物の物質生産プロセスを人為的に改変するための技術基盤を構築することを目的としています。 これまでに、モデル植物としてシロイヌナズナとミヤコグサを選定し、DNAマイクロアレイによる遺伝子発現の網羅的解析や遺伝子導入による機能解析を行い、代謝経路の解明とデータベース化を進めています。また、代謝系の一連の遺伝子群を制御する調節因子の探索や、タバコを材料に葉緑体形質転換技術により基幹代謝系改変植物の作出も進めています。 モデル植物での成果を活用して、実用植物（ユーカリ、ゴム、カンゾウ、アマ等）における目的物質の生産経路の解析と遺伝子組換え系の構築などを行って、植物の物質生産機能の工業的利用への応用のための技術を開発します。（NEDOプロジェクト紹介より）
紹介 モデル植物と特定の実用植物を用い、物質生産系を解析し（cDNA取得・解析、物質生産経路・機能解析、物質生産系における調節遺伝子等の機能解析）、作成した統合データベースを活用して、目的とする工業原料を、適切な部位・時期に、適切な量を効率的に生産させる技術基盤を構築する。（中間評価報告書より）
キーワード 実用植物 | 統合データベース | 生産プロセス | 網羅的解析
特許（日本、海外） 調査中
成果物 (データベース、解析ツール) ATTED II | CoP | DAGViz | DPClus | Dr DMASS | Dr DMASS+ | KAGIANA | KNApSAcK | KNApSAck Family | KOMICS | KaPPA-View | MassBase | RnR | THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX -