詳細情報

成果物名 DOGAN
成果物の別名 Database of Genome Analyzed at NITE
成果物に関する説明 DOGANは微生物の塩基配列データやORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、モチーフ情報、推定した遺伝子の根拠となる論文などの情報、プロテオーム解析結果を手に入れることができます。これらの情報は、アノテーターに確認されたものを公開しており、時間の経過に即して再アノテーションも行っている。また、Blastを用いた相同性検索サービスや、DNAクローンの発注サービスも行っています。
成果物のタイプ 調査中
運用機関 独立行政法人 製品評価技術基盤機構
機関所在国 日本
サイトURL http://www.bio.nite.go.jp/dogan/Top
インターフェイス GUI
入力例 [Keyword Search]テキストボックスに”kinase”を入力して[GO]ボタンを押す。
キーワード Aspergillus oryzae | Aeropyrum pernix | Pyrococcus horikoshii | Sulfolobus tokodaii | Brevibacillus brevis | Corynebacterium efficiens | Desulfovibrio magneticus | Gemmatimonas aurantiaca | Kocuria rhizophila | Rhodococcus erythropolis | Rhodococcus opacus | Staphylococcus aureus | Staphylococcus aureus | Staphylococcus haemolyticus | Streptomyces avermitilis
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 80 | http://www.bio.nite.go.jp/dogan/DataDownload
使っている外部リソース PubMed | UniProt | InterPro | KEGG
主な対象データ DNA-配列 、プロテオーム
生物種 微生物-古細菌 、バクテリア、コウジカビ
利用条件 なし
データ更新頻度 (過去2年間) 4
最終更新日(調査日) 2010/07/23 (2010/07/26)
利用できるID ORF_ID | NF_ID
IDを使った成果物の利用方法 http://www.bio.nite.go.jp/dogan/ProteinInformation?ORF_ID=[ORFID]
外部リンク UniProt (http://www.uniprot.org/), HAMAP(http://www.expasy.org/sprot/hamap/), InterPro(http://www.ebi.ac.uk/interpro/), Pfam(http://pfam.sanger.ac.uk/), PROSITE(http://ca.expasy.org/prosite/), TIGRFAMs(http://www.jcvi.org/cms/research/projects/tigrfams/overview/), COG(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/), MEROPS(http://merops.sanger.ac.uk/), TCDB(http://www.tcdb.org/), KEGG(http://www.genome.jp/kegg/), DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/), NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/), GOLD(http://www.genomesonline.org/), Genome project of Streptomyces avermitilis(http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp)
論文等(PubMed ID) なし