詳細情報
| 成果物名 | DOGAN |
|---|---|
| 成果物の別名 | Database of Genome Analyzed at NITE |
| 成果物に関する説明 | DOGANは微生物の塩基配列データやORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、モチーフ情報、推定した遺伝子の根拠となる論文などの情報、プロテオーム解析結果を手に入れることができます。これらの情報は、アノテーターに確認されたものを公開しており、時間の経過に即して再アノテーションも行っている。また、Blastを用いた相同性検索サービスや、DNAクローンの発注サービスも行っています。 |
| 成果物のタイプ | 調査中 |
| 運用機関 | 独立行政法人 製品評価技術基盤機構 |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.bio.nite.go.jp/dogan/Top |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | [Keyword Search]テキストボックスに”kinase”を入力して[GO]ボタンを押す。 |
| キーワード | Aspergillus oryzae | Aeropyrum pernix | Pyrococcus horikoshii | Sulfolobus tokodaii | Brevibacillus brevis | Corynebacterium efficiens | Desulfovibrio magneticus | Gemmatimonas aurantiaca | Kocuria rhizophila | Rhodococcus erythropolis | Rhodococcus opacus | Staphylococcus aureus | Staphylococcus aureus | Staphylococcus haemolyticus | Streptomyces avermitilis |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 80 | http://www.bio.nite.go.jp/dogan/DataDownload |
| 使っている外部リソース | PubMed | UniProt | InterPro | KEGG |
| 主な対象データ | DNA-配列 、プロテオーム |
| 生物種 | 微生物-古細菌 、バクテリア、コウジカビ |
| 利用条件 | なし |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 4 |
| 最終更新日（調査日） | 2010/07/23 (2010/07/26) |
| 利用できるID | ORF_ID | NF_ID |
| IDを使った成果物の利用方法 | http://www.bio.nite.go.jp/dogan/ProteinInformation?ORF_ID=[ORFID] |
| 外部リンク | UniProt (http://www.uniprot.org/), HAMAP(http://www.expasy.org/sprot/hamap/), InterPro(http://www.ebi.ac.uk/interpro/), Pfam(http://pfam.sanger.ac.uk/), PROSITE(http://ca.expasy.org/prosite/), TIGRFAMs(http://www.jcvi.org/cms/research/projects/tigrfams/overview/), COG(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/), MEROPS(http://merops.sanger.ac.uk/), TCDB(http://www.tcdb.org/), KEGG(http://www.genome.jp/kegg/), DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/), NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/), GOLD(http://www.genomesonline.org/), Genome project of Streptomyces avermitilis(http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp) |
| 論文等（PubMed ID） | なし |