詳細情報
| 成果物名 | KaPPA-View |
|---|---|
| 成果物の別名 | The Kazusa Plant Pathway Viewer |
| 成果物に関する説明 | KaPPA-Viewは,植物から得られた各オミクスデータを植物の代謝経路マップ上で統合表示することが可能なウェブベースの解析ツールである。このような表示を行うことにより,供試した実験における代謝変動の様相を視覚的にとらえることができ,代謝経路上での遺伝子の機能を推定することが可能となる。(出典：CiNii http://ci.nii.ac.jp/naid/110004822705/) 2010年1月に公開されたKaPPA-View4では、 全面的なシステムの見直しを行い、以前のバージョンと比較して劇的な処理速度の向上が図られている。 また、WindowsだけでなくMac OS Xにも完全に対応し、全ての機能を利用できるようになった。 更に、ユーザーが独自に作成した代謝マップを利用することができます。 システム開発者向けには、データベースやアプリケーションなど外部システムから直接データを表示させるための機能も提供している。（出典：オリジナルサイトより http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/information/overview_jp.html ） |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | 財団法人 かずさディー・エヌ・エー研究所 |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/ |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | [Guest Login]ボタンを押して、メインメニューを表示する。上段の[Create Accoount]メニューをクリックし、「LoginName」と「Email」を登録する。 Emailでパスワードを受け取る。 トップ画面（ http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/ ) で「Name」にLoginName、「Password」にパスワードを入力して「Login」ボタンをクリックする。 「Temporary Upload」をクリックする。 「Experiment File」にファイルを指定して、「Upload」ボタンをクリックする。 |
| キーワード | 遺伝子発現 | トランスクリプトーム | 代謝産物蓄積 | メタボローム | オミクス| 植物 | 代謝経路 |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 2 (KaPPA-Viewツール) | なし |
| 使っている外部リソース | 調査中 |
| 主な対象データ | 代謝産物 遺伝子発現 |
| 生物種 | 植物-シロイヌナズナ 、イネ、トマト、ミヤコグサ |
| 利用条件 | アカウント必要（ダウンロード版はアカウント不要） |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 2 |
| 最終更新日（調査日） | 2010/07/12 (2010/07/21) |
| 利用できるID | 調査中 |
| IDを使った成果物の利用方法 | なし |
| 外部リンク | KEGG (http://www.genome.jp/kegg/) |
| 論文等（PubMed ID） | 1. Tokimatsu T, Sakurai N, Suzuki H, Ohta H, Nishitani K, Koyama T, Umezawa T, Misawa N, Saito K and Shibata D (2005) KaPPA-view: a web-based analysis tool for integration of transcript and metabolite data on plant metabolic pathway maps. Plant Physiol, 138, 1289-1300 2. Sakurai N and Shibata D (2006) KaPPA-View for integrating quantitative transcriptomic and metabolomic data on plant metabolic pathway maps. J Pesticide Science, 31, 293-295 3. Tokimatsu T, Sakurai N, Suzuki H and Shibata D (2006) KaPPA-View: A tool for Integrating Transcriptomic and Metabolomic Data on Plant Metabolic Pathway Maps. In Saito K, Dixon RA and Willmitzer L eds, Biotechnology in Agriculture and Forestry, Vol. 57, pp. 155-163, Springer-Verlag, Berlin Heidelberg 4. Ogata Y, Sakurai N, Provart NJ, Steinhauser D and Krall L (2008) Bioinformatics Tools to Discover Co-Expressed Genes in Plants. In Kahl G and Meksem K eds, The Handbook of Plant Functional Genomics: Concepts and Protocols, pp. 309-335, WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim |
| プロジェクト名 | 植物利用エネルギー使用合理化工業原料生産技術開発 |
|---|---|
| 分野 | グリーンバイオ |
| 目的 | 植物の物質生産プロセスをシステムとして解析してデータベースを構築し、工業原料などの有用物質を生産させる様々な実用植物の物質生産プロセスを人為的に改変するための技術基盤を構築することを目的としています。 これまでに、モデル植物としてシロイヌナズナとミヤコグサを選定し、DNAマイクロアレイによる遺伝子発現の網羅的解析や遺伝子導入による機能解析を行い、代謝経路の解明とデータベース化を進めています。また、代謝系の一連の遺伝子群を制御する調節因子の探索や、タバコを材料に葉緑体形質転換技術により基幹代謝系改変植物の作出も進めています。 モデル植物での成果を活用して、実用植物（ユーカリ、ゴム、カンゾウ、アマ等）における目的物質の生産経路の解析と遺伝子組換え系の構築などを行って、植物の物質生産機能の工業的利用への応用のための技術を開発します。（NEDOプロジェクト紹介より） |
| 紹介 | モデル植物と特定の実用植物を用い、物質生産系を解析し（cDNA取得・解析、物質生産経路・機能解析、物質生産系における調節遺伝子等の機能解析）、作成した統合データベースを活用して、目的とする工業原料を、適切な部位・時期に、適切な量を効率的に生産させる技術基盤を構築する。（中間評価報告書より） |
| キーワード | 実用植物 | 統合データベース | 生産プロセス | 網羅的解析 |
| 特許（日本、海外） | 調査中 |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | ATTED II | CoP | DAGViz | DPClus | Dr DMASS | Dr DMASS+ | KAGIANA | KATANA | KNApSAcK | KNApSAck Family | KOMICS | MassBase | RnR | THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX - |