詳細情報

成果物名 HEAT
成果物の別名 H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツール
成果物に関する説明 H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合(遺伝子リスト)に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis(GSEA)と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
成果物のタイプ Tool
運用機関 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://hinv.jp/HEAT/search.php?lang=jp
インターフェイス GUI
入力例 「遺伝子リスト投入画面」のテキストボックスに複数の遺伝子名かIDを入れ、「遺伝子リストの投入」ボタンを押し、さらにリストの確認後に「解析実行」ボタンを押すと、遺伝子リストの特徴が表示される。
キーワード GSEA | ヒト遺伝子 | アノテーション
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0 | なし
使っている外部リソース ID一括変換システム | H-InvDB
主な対象データ アノテーション
生物種 脊椎動物-哺乳類-ヒト
利用条件 表示-継承
データ更新頻度 (過去2年間) 2
最終更新日(調査日) 2010/01/14 (20010/01/28)
利用できるID HIT | HIX | accession number | HUGO gene symbol
IDを使った成果物の利用方法 なし
外部リンク InterPro, SCOP, KEGG pathway, G-integra, HIF
論文等(PubMed ID) Imanishi T, Itoh T, Suzuki Y, O'Donovan C, Fukuchi S, Koyanagi KO, Barrero RA, Tamura T, Yamaguchi-Kabata Y, Tanino M, Yura K, Miyazaki S, Ikeo K, Homma K, Kasprzyk A, Nishikawa T, Hirakawa M, Thierry-Mieg J, Thierry-Mieg D, Ashurst J, Jia L, Nakao M, Thomas MA, Mulder N, Karavidopoulou Y, Jin L, Kim S, Yasuda T, Lenhard B, Eveno E, Suzuki Y, Yamasaki C, Takeda J, Gough C, Hilton P, Fujii Y, Sakai H, Tanaka S, Amid C, Bellgard M, Bonaldo Mde F, Bono H, Bromberg SK, Brookes AJ, Bruford E, Carninci P, Chelala C, Couillault C, de Souza SJ, Debily MA, Devignes MD, Dubchak I, Endo T, Estreicher A, Eyras E, Fukami-Kobayashi K, Gopinath GR, Graudens E, Hahn Y, Han M, Han ZG, Hanada K, Hanaoka H, Harada E, Hashimoto K, Hinz U, Hirai M, Hishiki T, Hopkinson I, Imbeaud S, Inoko H, Kanapin A, Kaneko Y, Kasukawa T, Kelso J, Kersey P, Kikuno R, Kimura K, Korn B, Kuryshev V, Makalowska I, Makino T, Mano S, Mariage-Samson R, Mashima J, Matsuda H, Mewes HW, Minoshima S, Nagai K, Nagasaki H, Nagata N, Nigam R, Ogasawara O, Ohara O, Ohtsubo M, Okada N, Okido T, Oota S, Ota M, Ota T, Otsuki T, Piatier-Tonneau D, Poustka A, Ren SX, Saitou N, Sakai K, Sakamoto S, Sakate R, Schupp I, Servant F, Sherry S, Shiba R, Shimizu N, Shimoyama M, Simpson AJ, Soares B, Steward C, Suwa M, Suzuki M, Takahashi A, Tamiya G, Tanaka H, Taylor T, Terwilliger JD, Unneberg P, Veeramachaneni V, Watanabe S, Wilming L, Yasuda N, Yoo HS, Stodolsky M, Makalowski W, Go M, Nakai K, Takagi T, Kanehisa M, Sakaki Y, Quackenbush J, Okazaki Y, Hayashizaki Y, Hide W, Chakraborty R, Nishikawa K, Sugawara H, Tateno Y, Chen Z, Oishi M, Tonellato P, Apweiler R, Okubo K, Wagner L, Wiemann S, Strausberg RL, Isogai T, Auffray C, Nomura N, Gojobori T, and Sugano S (2004) Integrative Annotation of 21,037 Human Genes Validated by Full-Length cDNA Clones. PLoS Biology 2: 856-875. | Genome Information Integration Project and H-Invitational 2 (2008) The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. Nucleic Acids Research 36 (Database Issue): D793-D799.

ページ先頭へ

プロジェクト名 ゲノム情報統合プロジェクト
分野 ゲノムインフォマティックス
目的 # ヒト遺伝子の完全なカタログを作成 # H-InvDBを基礎としたアノテーション技術開発 # 疾患、遺伝子発現、タンパク質間相互作用など情報統合
紹介 本プロジェクトは、経済産業省のモデル事業として平成17年度から平成19年度までの3年間にわたり、バイオ産業情報化コンソーシアムを中心としてその他6つの共同研究機関が実施した。ヒト完全長cDNAを詳細にアノテーション(注釈付け)したH-Invitational Database(H-InvDB)を基礎として、その構築のための技術をさらに高度化し、世界最高水準のヒト全遺伝子データベースを構築して公開した。
キーワード ゲノム|遺伝子|アノテーション|統合|データベース
特許(日本、海外) JP-2006-323830 | JP-2008-097189
アーカイブ
平成17年度-19年度 ゲノム情報統合プロジェクト に関する報告書
成果物 (データベース、解析ツール) Evola | G-compass | H-ANGEL | H-DBAS | H-Exp | H-InvDB | LEGENDA | MDV | PPI view | TACT | VarySysDB