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| 成果物名 | TACT |
|---|---|
| 成果物の別名 | Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool |
| 成果物に関する説明 | Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool (TACT)は相同性検索(BLASTX, FASTY)、ORF予測、モチーフ検索解析(InterProScan)を統合し、真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステムです。TACTはH-Invitationalプロジェクトの一環として開発され、 ヒト遺伝子アノテーション統合データベースH-Invitational Database (H-InvDB)の構築・発展に貢献しています。 |
| 成果物のタイプ | Tool |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.h-invitational.jp/tact/index_jp.html |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | 画面上部中央のクエリー入力画面に塩基配列またはDDBJ accessionを入力して、「クエリ送信」ボタンを押してください。 |
| キーワード |
調査中
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| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 0.0 | なし |
| 使っている外部リソース | DDBJ/EMBL/GenBank | Ensembl | Gene ontology (GO) | H-InvDB | InterPro | RefSeq | UCSC | UniProt |
| 主な対象データ | DNA-配列 |
| 生物種 |
脊椎動物-哺乳類-ヒト
ヒト以外の41生物種（http://h-invitational.jp/tact/species.html）
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| 利用条件 | 表示-改変禁止 アカウント不要 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 9 |
| 最終更新日（調査日） | 2008/03/03 (2008/10/06) |
| 利用できるID | Transcript ID (DDBJ accession for H-InvDB transcripts) |
| IDを使った成果物の利用方法 | http://h-invitational.jp/tact/cgi-bin/tact.cgi?acc=[DDBJ accession] |
| 外部リンク | H-InvDB(http://www.h-invitational.jp/) |
| 論文等（PubMed ID） | 16845023 | Yamasaki C, Kawashima H, Todokoro F, Imamizu Y, Ogawa M, Tanino M, Itoh T, Gojobori T, and Imanishi T. TACT: Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool of H-InvDB. Nucleic Acids Research 34 Web-server Issue: W345-W349 (2006). |
| プロジェクト名 | ゲノム情報統合プロジェクト |
|---|---|
| 分野 | ゲノムインフォマティックス |
| 目的 | # ヒト遺伝子の完全なカタログを作成 # H-InvDBを基礎としたアノテーション技術開発 # 疾患、遺伝子発現、タンパク質間相互作用など情報統合 |
| 紹介 | 本プロジェクトは、経済産業省のモデル事業として平成17年度から平成19年度までの3年間にわたり、バイオ産業情報化コンソーシアムを中心としてその他6つの共同研究機関が実施した。ヒト完全長cDNAを詳細にアノテーション（注釈付け）したH-Invitational Database（H-InvDB）を基礎として、その構築のための技術をさらに高度化し、世界最高水準のヒト全遺伝子データベースを構築して公開した。 |
| キーワード | ゲノム｜遺伝子｜アノテーション｜統合｜データベース |
| 特許（日本、海外） | JP2006323830(A) | JP2008097189(A) |
| アーカイブ | |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | Evola | G-compass | H-ANGEL | H-DBAS | H-Exp | H-InvDB | HEAT | LEGENDA | MDV | PPI view | VarySysDB |
