詳細情報
| 成果物名 | Evola |
|---|---|
| 成果物の別名 | Evola: Evolutionary annotation database |
| 成果物に関する説明 | Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと13のモデル生物とのオルソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報(dN/dS view)、重複遺伝子ファミリービューアー(Gene family view)などを提供しています。オルソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグ、のヒト＋13生物種です。 |
| 成果物のタイプ | DB |
| 運用機関 | 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター |
| 機関所在国 | 日本 |
| サイトURL | http://www.h-invitational.jp/evola/ |
| インターフェイス | GUI |
| 入力例 | トップ／サーチページ上部の"Evola Search ortholog"で、プルダウンメニューからKeywordを選び、テキストボックスに"calmodulin"を入力して"submit"ボタンを押してください。 |
| キーワード | 調査中 |
| ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 | 900.0 | http://www.h-invitational.jp/evola/download_jp.html |
| 使っている外部リソース | H-InvDB | DDBJ | Ensembl | RefSeq | UCSC | GO | InterPro | HGNC |
| 主な対象データ | 比較ゲノム |
| 生物種 | ヒト、脊椎動物 |
| 利用条件 | 表示-継承 |
| データ更新頻度 (過去2年間) | 8 |
| 最終更新日（調査日） | 2009/03/30 (2009/01/20) |
| 利用できるID | HIT(transcript) | Accession Number | HUGO Gene Symbol |
| IDを使った成果物の利用方法 | http://h-invitational.jp/hinv/evola/annotation?AccessionNum=[HIT ID] |
| 外部リンク | H-InvDB | DDBJ | Ensembl | RefSeq | UCSC | GO | InterPro | HGNC |
| 論文等（PubMed ID） | 17982176 |
| プロジェクト名 | ゲノム情報統合プロジェクト |
|---|---|
| 分野 | ゲノムインフォマティックス |
| 目的 | # ヒト遺伝子の完全なカタログを作成 # H-InvDBを基礎としたアノテーション技術開発 # 疾患、遺伝子発現、タンパク質間相互作用など情報統合 |
| 紹介 | 本プロジェクトは、経済産業省のモデル事業として平成17年度から平成19年度までの3年間にわたり、バイオ産業情報化コンソーシアムを中心としてその他6つの共同研究機関が実施した。ヒト完全長cDNAを詳細にアノテーション（注釈付け）したH-Invitational Database（H-InvDB）を基礎として、その構築のための技術をさらに高度化し、世界最高水準のヒト全遺伝子データベースを構築して公開した。 |
| キーワード | ゲノム｜遺伝子｜アノテーション｜統合｜データベース |
| 特許（日本、海外） | JP-2006-323830 | JP-2008-097189 |
| アーカイブ | |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | G-compass | H-ANGEL | H-DBAS | H-Exp | H-InvDB | HEAT | LEGENDA | MDV | PPI view | TACT | VarySysDB |
| プロジェクト名 | 統合データベースプロジェクト |
|---|---|
| 分野 | ゲノムインフォマティックス |
| 目的 | これまでに経済産業省関連機関により実施された研究開発プロジェクトの成果等を整備することにより、ライフサイエンス分野における研究開発の促進に資するデータベースを構築することを目的とします。 |
| 紹介 | 経済産業省からの委託を受け、経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果であるデータベースに関する情報提供サイトを構築・運用します。また、ヒト遺伝子に関連した各種研究成果に関しては、平成17～19年度に実施したゲノム情報統合プロジェクトにおいて構築した、ヒト全遺伝子のアノテーション統合データベース (H-Invitational DB: http://www.h-invitational.jp/) を基礎として、経済産業省関連の研究成果を連携して利用できるシステムを構築します。 |
| キーワード | デ－タベ－ス｜解析ツ－ル｜成果物｜ポ－タル｜統合 |
| 特許（日本、海外） | - |
| アーカイブ | |
| 成果物 (データベース、解析ツール) | G-compass | H-ANGEL | H-DBAS | H-Exp | H-InvDB | リンク自動管理システム | ID一括変換システム | LEGENDA | MEDALS | PMID-Extractor | PPI view | PubMedScan | VarySysDB |